Об официальной цели новой миссии Кул-Мухаммада, опять направившегося в Москву, нет никаких известий; неизвестно также, чем закончилось второе посольство казахского хана Таваккула к русскому царю Федору Иоанновичу осенью 1595 г. Как полагает известный исследователь новой истории Казахстана В. Я. Басин, активные политические связи между Московским государством и Казахской степью не прекращались и в 1596–1598 гг. Но эти отношения на время были прерваны на рубеже XVI–XVII вв. военно-политическими событиями в Туркестане.
Весной 1598 г. умер бухарский хан Абдулла (Абдаллах), самый могущественный из узбекских властителей, а летом того же года погиб от руки мятежных эмиров сын и преемник его Абд ал-Мумин, и во владениях Бухарского ханства Шибанидов наступили смутные времена. Монархия Абдуллы-хана окончательно распалась; на разных концах прежнего обширного государства — в Бухаре, Герате, Балхе и т. д. — явились самостоятельные государи. Этой полосой острого политического кризиса и воспользовался для своего вторжения во владения Бухары казахский хан Таваккул. Предприятие оказалось успешным, и в короткий срок он овладел Сайрамом, Ташкентом, Ясой (современный г. Туркестан), Самаркандом, но под Бухарой Таваккул-хан был ранен, отступил к Ташкенту и там умер в том же 1598 г. Через некоторое время между казахскими и узбекскими владетелями был достигнут мир: казахи отказались от Самарканда, но сохранили за собой Ташкент, Сайрам, Туркестан с прилегающими районами. Эти города по большей части оставались в их власти на протяжении полутора столетий и в XVII — первой половине XVIII в. являлись местом пребывания казахских ханов и политическими центрами ханства.
В XVII в. политические, дипломатические и торговые контакты между Россией и Казахским ханством стали более тесными, особенно в годы правления Тауке-хана, сторонника расширения казахско-русских связей на паритетных началах. Лишь в 1686–1693 гг. он отправил к русским не менее пяти посольств. Главными целями посольств, как казахских в Россию, так и русских в Казахские степи, были освобождение пленных, устранение неприятностей, возникавших в связи со взаимными нападениями, и расширение торговли.
Активный обмен посольствами в последние десятилетия XVI в. не только расширил политические и торговые связи между Россией и Казахским ханством, но и оказал большую услугу географической науке. В частности, на основе сведений, добытых посольством 1694 г. во главе с Федором Скибиным к казахскому хану Тауке в г. Туркестан, в 1697 г. была составлена карта Средней Азии, вошедшая в «Чертежную книгу Сибири» С. Е. Ремезова (закончена в 1701 г.). Атлас Средней Азии С. Е. Ремезова, заключавший в себе новые и достоверные сведения по топографии и гидрографии Аральского и Каспийского морей и земель по Сыр-Дарье и Аму-Дарье, представлял значительный шаг вперед по сравнению с «Большим чертежом» (1600 г.) и с картой Витсена (1687 г.).