Монгольское нашествие захватило и вовлекло в водоворот политических и военных потрясений множество тюркских племен, по преимуществу кипчакских, которые к тому времени составляли основное население степи — от Великой Китайской стены до Дуная. Сами монголы после походов XIII в. частью вернулись на свою родину, частью постепенно растворились в тюркском массиве Средней Азии и Поволжья. Сохраняя зачастую древние монгольские племенные названия, они утрачивали свой язык, мусульманизировались, их знать сливалась со знатью тюркских племен. Новые тюркские аристократические роды присваивали себе монгольские генеалогии. Вплоть до XX в., например, среди казахов претендовать на высшие титулы могли лишь те, чьи шеджере (родословные списки) подтверждали происхождение из «золотого рода» Чингизидов.
Перемешавшиеся в ходе завоеваний и бесконечных переселений XIII–XVI вв. племена поселялись на новых землях, раздвигая политические границы Великой Степи. Так, на рубеже XV–XVI вв. кочевые племена узбеков Дешт-и Кипчака (Кипчакской степи), возглавленные Чингизидом Мухаммадом Шейбани-ханом, овладели большей частью Средней Азии и создали Узбекское государство Шибанидов (потомков Шибана, сына Джучи, старшего сына Чингиз-хана). Другая часть узбеков Восточного Дешт-и Кипчака, узбек-казахи, еще в 70-х годах XV в. создала Казахское ханство. На землях, расколовшихся и обособившихся улусов Монгольской империи, управляемых Чингизидами, начался новый этап тюркского этногенеза — этап интенсивного смешения с субстратным населением, начальный этап формирования современных тюркских народов.
Вместе с тем XVIII–XIX вв. в истории государств Средней Азии и Казахстана, вплоть до присоединения к России, были эпохой относительной изоляции этого огромного региона, эпохой непрерывных усобиц, приведших к политическому, хозяйственному и культурному застою, эпохой деспотической власти сравнительно небольших элитарных групп, из среды которых выдвигались ханы, и полного бесправия основной массы населения, значительная часть которого жила в крайней бедности. Лишь начавшееся в XIX в. развитие русско-туркестанских экономических и культурных связей привело к постепенному оживлению хозяйственной жизни и новому росту городов и торговли.
Итак, принимая тезис об относительном сходстве исторических судеб большинства тюркских племен и народов на протяжении не менее чем двух тысячелетий, связанности их этнической истории в рамках общей истории Евразии, мы отказываемся и от тезиса об извечном существовании единой тюркской нации, и от тезиса об извечном автохтонизме современных тюркских народов.