Как только это стало возможным, несколько групп саперов принялись за очистку территории, попавшей в зону взрывов, – населенных пунктов, трассы Москва-Симферополь и прилегающего участка железной дороги. Всего в зоне взрывов за первый месяц было извлечено и обезврежено около 80 тысяч боеприпасов.
На второй день после катастрофы Президент Украины Л. Д. Кучма создал специальную правительственную комиссию по расследованию обстоятельств чрезвычайного происшествия.
В ходе расследования было установлено, что главной причиной возникновения пожара стало несоблюдение правил техники безопасности. Военная прокуратура Южного региона Украины вскоре задержала троих подозреваемых в причастности к возникновению пожара. Выяснилось, что 6 мая на одной из площадок воинской части военнослужащие укладывали в штабели боеприпасы. Во время работы несколько солдат «грубо нарушили уставные требования и правила пожарной безопасности» – проще говоря, они закурили, что делать было категорически запрещено. А тут еще один из курильщиков поджег пустой мешок из-под пороха. Следует учесть, что вся площадка, на которой разбирались снаряды, была присыпана пороховой пылью. По материалам следствия, дальше события развивались следующим образом: «Увидев, что приближается руководство, военнослужащий впопыхах погасил мешок и запихал его под стеллажи со снарядами… Через десять минут после этого военнослужащие покинули площадку на обеденный перерыв. А еще через несколько минут на ней возник пожар, который и привел к взрывам».
Генеральная прокуратура Украины возбудила уголовное дело по факту пожара на складах боеприпасов в Запорожской области. По результатам расследования причин катастрофы некоторым должностным лицам Министерства обороны и командиру воинской части были предъявлены обвинения по статье 426 Уголовного кодекса Украины – «по фактам небрежного отношения к военной службе и бездеятельности военной власти». Это связано с тем, что более года тому назад, летом 2003 года, пожар уже был, и именно в этой воинской части. В тот раз во время проведения работ по разбиранию боеприпасов тоже загорелся порох, но пожар удалось быстро потушить. Командир части знал об этом и получил предупреждение Генеральной прокуратуры, однако ничего не было сделано для того, чтобы избежать повторения взрывоопасной ситуации. Нарушения в хранении оружия и боеприпасов остались, как были. «Сегодняшняя техногенная катастрофа – красноречивое свидетельство того, что все предостережения прокуратуры были просто проигнорированы, – к такому выводу пришло расследование. – Пожар на артиллерийской базе в Запорожской области является следствием преступного халатного отношения военных руководителей и систематического игнорирования ими тех предупреждений о нарушении правил хранения оружия и боеприпасов, которые поступали со стороны органов прокуратуры». 3 июня были уволены начальник Генерального штаба Вооруженных сил Украины Александр Затынайко и главнокомандующий Сухопутными войсками Петр Шуляк.