Наиболее опасных аристократов, которых Поликрат подозревал в возможных заговорах, выслал в изгнание довольно оригинальным способом: посадил на 40 триер и отправил в поход на Египет, якобы в помощь Камбизу, которого попросил «не отсылать их обратно». Однако самосцы, заподозрив неладное, вернулись и попытались свергнуть власть тирана. На море они одержали победу, но на суше Поликрат их разбил. Тогда они отправились за помощью к Спарте, которая в VI в. до н. э. создала реакционный Пелопонесский Союз и помогала аристократии Эллады бороться с тиранией. Лакедемоняне организовали поход против самосского тирана. В нем участвовали и коринфяне, так как пиратство, которым пробивались самосцы, мешало развитию торговли, на которой зиждилось благополучие Коринфа. Поликрат отпустил на волю рабов, чтобы получить их поддержку. 40-дневная осада не принесла спартанцам успеха. Существует версия, что Поликрат откупился фальшивой монетой. Самосским аристокрам пришлось отправиться на Крит, где они основали колонию Кидонию. Через шесть лет она была завоевана Эгиной, а самосцы обращены в рабство.
До 532 г. до н. э. Поликрат правил вместе с братьями. Вероятно, между ними произошла ссора, после чего Поликрат убил старшего – Пантагноста, а младшего Силосонта изгнал из страны. Тот нашел себе приют при дворе персидского царя и впоследствии, после гибели брата, Дарий посадит его тираном на Самосе.
«Счастливчик» Поликрат был необыкновенно яркой личностью. Слава о государе-пирате, беззастенчиво грабившем даже друзей, гремела по всей Ионии и по всей Элладе. «Лучше отнять у друга, а потом ему же возвратить, чем не взять у него ничего» – такое циничное высказывание приписывает ему Геродот. Поликрат был необычайно удачлив во всех войнах. Куда бы он ни отправлялся на своих пиратских судах, все получалось как по-писаному. Отважный покоритель морей был сказочно богат, и то, как он тратил свои богатства, тоже вызывало восхищение современников. «Ни один эллинский тиран, кроме сицилийского, не может сравниться по размаху роскоши с Поликратом», – сообщает Геродот. У него был великолепный пышный двор, к которому тиран привлекал прекрасных женщин и красивых мальчиков, поэтов, астрологов, врачей, художников. Его придворным поэтом был знаменитый Анакреон, а придворным врачом – кротонец Демокед, который после смерти Поликрата стал врачом Дария. Тиран одаривал их по-царски, так как любил искусство и наслаждался их обществом. Однако другой знаменитый самосец Пифагор, расцвет деятельности которого приходился на те же годы, предпочел изгнание и покинул Самос, так как ему правление тирана было не по душе. Поликрат собирал библиотеку поэзии, интересовался техническими открытиями и их применением на практике. Великолепие его двора и сказочное везение затмевали даже блеск дворов персидских сатрапов. Современников неслыханное счастье тирана возмущало больше, чем его жестокое насилие.