Коренным населением многих земель были узбеки. Своей доли в захватнических походах они не имели, поэтому и появился Мухаммед Шейбани, который возглавил войну узбеков с тюрками. Воевал он хорошо и не «по-родственному»: всех пленных убивал. К началу времени Бабура, Шейбани был уже в силе, и о том, что он закончит «империю», никто не думал. Заботясь о безопасности юного Бабура, верный бек увез его из Андижана в Ош. Отсюда Бабур-мирза начинал долгую и жестокую борьбу с Шейбани-ханом за господство в Фергане. Он захватил все крепости Ферганы до Ходжента – вход в долину. Для того чтобы стать полновластным хозяином Ферганы, Бабур овладел Самаркандом. От нервного напряжения во время этого похода у него отказал язык, и он заболел горячкой.
В это время из Андижана прибыл гонец: мать попросила поспешить на помощь – город осажден узбеками. Гонец, увидев состояние юного мирзы, сообщил об этом матери. И она вместе с ближними беками решила сдать крепость. Бабур, поправившись, с малыми силами отправился на помощь матери. В Ходженте они встретились, и мирза узнал, что и Самарканд захвачен. Бабур пишет: «Дурака и оттуда выгнали, и туда он не попал». Начался период скитаний от одного города к другому. В это же время бабка и мать насильно женили Бабура на Айше Султан биким. Однако в результате бедственного положения юного мирзы и прохладного отношения его к жене Айша попросилась в Ташкент к сестре. Бабур отпустил ее, и больше они не виделись. В наказание родственники тимуриды решили остановить не в меру честолюбивого и беспокойного родича. Ему уже не давали хороших наделов и войск. В итоге Бабур вновь оказался в Ходженте. Его войско насчитывало всего 240 человек, однако он решил еще раз захватить Самарканд. Ночью его йигиты сумели взять одну башню и открыть ворота. К утру Бабур овладел столицей империи. Это была великая победа отчаявшегося. Победителю грозного Шейбани-хана было всего 19 лет.
Спустя некоторое время, Шейбани-хан вновь обложил крепость. Людей у Бабура было мало, так как взяв и разграбив город, беки получили новые земли и разъехались. Осада длилась около полугода, ни сил, ни припасов уже не оставалось, поэтому Бабур с двумя беками и матерью ночью ушел из города. Не получив поддержки и от родственников, Бабур переправился через Амударью и пошел на Кабул. Об этом времени он писал:
«Куда ни пойду – рядом горе идет по дороге.
Направо, налево сверну – страданье навстречу опять.
Кто видел так мало покоя, так много тревоги?
Кто смог столько бед пережить, столько муки принять?»