Войско Бабура теперь состояло в основном из моголов, а они, проигрывая сражения, имели привычку убивать и грабить своих, чтоб всегда быть с добычей. Афганистан располагался на перекрестке торговых путей. Северный путь шел через Кабул, южный – через Кандахар (совр. Кандагар). В Кабуле говорили на 13 языках, и править городом особых охотников не было. Бабур мирно договорился с местным правителем, помог ему уйти от моголов живым и не ограбленным и стал мирзой Кабула и Газни.
Теперь Бабур совершенно изменился. Вместе с беками он стал грабить окрестности и убивать. Его воины убивали всех, а из голов складывали пирамиды. Правитель Герата Хусейн-мирза предложил Бабуру совместно выступить против Шейбани-хана, однако поход не состоялся из-за внезапной смерти Хусейна. Сыновья Хусейна пригласили Бабура перезимовать в Герате, но он не согласился, несмотря на то что этот город был в то время самым красивым и благоустроенным в Афганистане, и отправился в Кабул.
Зимний переход в Кабул был ужасным: люди падали с ног, а кони только благодаря глубокому снегу не остались в пропастях. Вернувшись, Бабур навел порядок в городе и выступил в поход на Кандахар. Осада города была тяжелой, но когда вскрыли сокровищницу, молодой завоеватель написал: «Люди не видели столько богатств, и не видели человека, который их видел». Своему брату Бабур оставил караван серебра (стандартный караван – 7 верблюдов).
Вернувшись в Кабул, Бабур, по его словам, «…с одного квадрата на другой подобно шахматному королю» сразу же выступил в поход на Хиндустан (Индию). Но отойдя недалеко от города, решил вернуться, поддавшись на уговоры близких и опасаясь, что моголы и нукеры выйдут из повиновения. В Кабуле жена Бабура Масума Султан биким родила сына Хумаюна. Это был 1508 год. На рождение сына беки подарили гору серебряных денег, какой не видел никто раньше, а через день Бабуру сообщили о заговоре против него. Это было немыслимо. У тюрок и моголов сын и отец могли убить друг друга, но редко. Беки и нукеры могли уйти, это часто. Но чтобы воины устроили заговор против мирзы, – такого не бывало. Видимо, кочевники, обычной добычей которых были бараны, женщины и оружие, потеряли разум от кандахарских сокровищ.
Бабур не поверил, но вечером, зайдя на женскую половину и отослав охрану, он вышел в сад с верным человеком и, по его словам, «там к ним подбежал человек…» На этом рукопись своего жизнеописания Бабур прекратил на целых 11 лет. Может, ему стало не до этого, а может, рукописи не было при нем. Похоже, что за эти годы он побывал в Иране и Турции, где изучал секреты военного дела, учился артиллерийскому искусству у персов и османов, заготавливал пушки, менял тактику ведения войны и настолько разуверился в друзьях и родственниках, что сменил (или потерял) все окружение.