В порту Поликрат построил укрытия для судов. Сам город был обнесен высокой стеной и глубоким рвом, которые строили рабы. Пиратствуя в открытом море, в то же время Поликрат гарантировал всем торговым судам безопасный проход в свой порт при условии оплаты пошлины и портовых взносов. Торговцы платили, заботясь о сохранности груза, а казна Самоса пополнялась.
Поликрат ввел государственный чекан монеты. Раньше чуть ли не каждый аристократический род чеканил свою монету, что затрудняло торговые отношения даже в пределах одной области. На аверсе самосских монет были изображены самены, поэтому все их стали называть «самена».
Поликрат занимался развитием шерстяных мануфактур. С целью улучшения пород коз и овец он приказал ввозить их из Наксоса и Милета. Для горожан им была устроена лавра, подобие восточного базара, где «цветы Самоса», как называли публичных женщин, предлагали услуги посетителям. Демос был доволен Поликратом: появлялись новые возможности заработка – на строительстве, на флотской службе гребцами или в крайнем случае наемниками в армии. Особенно довольны «низы» были тем, что Поликрат привлекал аристократов к содержанию матерей павших в боях бедняков и заставлял их финансировать все свои дорогостоящие архитектурные проекты.
Опасаясь заговоров, Поликрат закрыл все школы борьбы (палестры), которые посещали, как правило, аристократы. Однако беда пришла с другой стороны. Могущество Поликрата было не выгодно персам. Но больше всех оно раздражало наместника Кира Магнесии Оройту. Он решил сделать подарок Камбизу и заслужить его благосклонность. Оройта хитростью заманил Поликрата к себе. Он предложил тому вступить с ним в заговор против «великого царя», пообещав за это часть сокровищ. Поликрат был жаден и очень любил деньги. Накануне отплытия в Магнесию дочь Поликрата видела вещий сон: отец висел в воздухе, а Зевс обмывал его водой. Она уговаривала отца не ездить к Оройте, однако он рассердился и пригрозил, что в случае благополучного возвращения заставит ее просидеть в девах. Не советовали ехать и друзья, но Поликрат не послушал. По прибытии в Магнесию он был схвачен Оройтой и казнен такой страшной смертью, что даже Геродот не посмел ее описать. Он считал, что Поликрат не заслужил такой позорной смерти. Оройта приказал распять труп на кресте. Так закончилась жизнь самого могущественного и великолепного тирана Эллады. Исполнилось пророчество египетского фараона Амасиса: судьба настигла Поликрата. Тирания его была недолговечна и имела насильственный конец.
После гибели Поликрата на Самосе снова разгорелись смуты. Секретарь тирана Меандрий попытался установить демократическую республику, но самосские аристократы не позволили сделать это и устроили заговор. Ему удалось уничтожить часть заговорщиков, но в это время персы вторглись на остров. Когда они высадились, никто из жителей не оказывал сопротивления, однако захватчики жестоко истребили большую часть населения. Своим наместником персы поставили Силосонта, когда-то изгнанного Поликратом, а поскольку остров обезлюдел, в народе сложилась поговорка: «Простор благодаря Силосонту». После него на Самосе правили другие назначенные персами наместники. Остров Самос был первым из всех эллинских и варварских государств, завоеванных Дарием.