Одной из главных забот Иннокентия III была борьба с различными ересями. Созванный им в 1215 г. знаменитый IV Латеранский собор, ставший вершиной правления папы, наряду с другими важными для церкви решениями принял постановление о борьбе с ересями и решение о поддержке крестовых походов против еретиков.
Немалую роль в борьбе с религиозным вольнодумством сыграли организованные папой два монашеских ордена, до сих пор пользующиеся высоким авторитетом у католиков. Орден доминиканцев, созданный испанским монахом Домиником Гусманом, позднее причисленным к лику святых, занимался изучением ересей и борьбой с ними. Поэтому доминиканцы играли большую роль в делах инквизиции, церковных судах, расследовавших дела еретиков.
В отличие от Ордена Св. Доминика, орден францисканцев занимался проповедью католических идей в народной среде. Его основателем был легендарный Франциск Ассизский – одна из самых светлых личностей в истории церкви и в пантеоне католических святых. По преданию, Иннокентий III, гуляя по террасе Латеранского храма, встретил человека, которого он принял за пастуха, и постарался от него отделаться. Однако ночью папа увидел странный сон: храм, где он гулял утром, сильно накренился и вот-вот может рухнуть. Но поддерживает его тот самый пастух, которого папа встретил во время прогулки. Так легенда в поэтической форме объясняет причину, по которой глава римской церкви признал орден и использовал его для укрепления католичества.
Однако в руках у папы был инструмент, позволявший массово уничтожать вольнодумцев, отпавших от католичества или «искажавших» его, – крестовые походы. Особенно громкую известность имеет история борьбы папы с альбигойцами, появившимися на юге Франции еще в XI в. Ересь была занесена крестоносцами с Востока. Катары, что в переводе с греческого означало «чистые», утверждали существование двух высших сил – Бога и Дьявола, считали мир дьявольским порождением, осуждали все земное, призывали к аскетизму и обличали католическое духовенство. Французские катары, альбигойцы (получившие название от г. Альби, где впервые проявили себя), основную часть которых составляли представители тулузской знати, ремесленники и крестьяне, выступали также против ряда догматов католической церкви, церковного землевладения и десятины.
В Риме об альбигойцах было известно очень мало. Быть может, потому что те следовали принципу: «Клянись и лжесвидетельствуй, но не раскрывай тайны». Чтобы прояснить ситуацию, Иннокентий III послал в Тулузу Доминика Гусмана. Аскетизм монаха не произвел впечатления на альбигойцев, бывших такими же аскетами. Они не верили в искупительную жертву Христа и отвергали церковные порядки. Доминик вернулся в Рим в полной уверенности, что справиться с ересью можно только военной силой. Именно поэтому в 1209 г. Иннокентий III призвал к крестовому походу, который положил начало альбигойским войнам. Особенно кровавым эпизодом стала резня в г. Безье. Когда армия папы, возглавляемая северными французскими баронами, подошла к городу, лидер альбигойцев Раймонд Тулузский сдался. Несмотря на это, город был разграблен, а более 700 его жителей, укрывшихся по обычаю в церкви Св. Магдалины, убиты. Жители остальных городов, напуганные участью единоверцев, тоже сдались. Однако кровавые альбигойские войны закончились только в 1229 г. полным разгромом Прованса. Этого владыка церкви уже не увидел. Он умер в 1216 г.