Еще более успешно Иннокентий III повел себя с английским королем Иоанном Безземельным, когда тот воспротивился назначению эрхиепископа Кентерберийского. Папа сделал это, не поставив в известность короля, и Иоанн назначил другого удобного для себя кандидата. Чтобы поставить на своем, но избежать конфронтации, Иннокентий выбрал нового кандидата из числа 15 епископов. Король отказался признавать и этого, а в отместку разогнал всех кентерберийских монахов и разграбил церковное имущество. В ярости он кричал английским епископам, пытавшимся его урезонить: «Клянусь зубами Божьими, если вы произнесете отлучение, я выгоню всех духовных, всех епископов к папе и завладею всеми их имуществами! Все римляне, живущие в моем королевстве, вернутся на родину с выколотыми глазами и отрезанными носами, чтобы везде узнавали их». Тогда папа освободил подданных Иоанна от присяги королю и объявил, что тот будет низложен. Одновременно он предложил Филиппу II Августу свергнуть Иоанна и завладеть английским престолом. Тот начал готовиться к войне. И Иоанн испугался, понимая, что большинство английских баронов охотно подчинятся королю Франции. Скрепя сердце, в 1213 г. он отдал Англию и Ирландию в ленную зависимость Риму и обязался ежегодно выплачивать папскому престолу крупную сумму в 1000 марок.
Добившись своего, Иннокентий III поддержал Иоанна в очень важном вопросе. Папа признал справедливой жалобу английского короля о принудительном подписании им Великой Хартии вольностей и признал хартию утратившей силу. Таким образом была подавлена в зародыше невыгодная Риму попытка феодалов восстать против королевской власти.
Папа вмешивался в дела практически всех католических государств Европы. И главной целью при этом оставалась все та же ленная зависимость государств от Рима. Так было в Португалии, Арагоне, Дании, Польше, Чехии, Венгрии. Свое влияние Иннокентий пытался распространить и на православные земли, стремясь к насильственному объединению западной и восточной церквей. Именно этой цели фактически послужил объявленный им Четвертый крестовый поход (1202–1204), который, против обыкновения, был осуществлен не в Святую землю, а на Константинополь.
Воспользовавшись неурядицами внутри новой византийской династии Ангелов, крестоносцы после длительной осады 17 июля 1203 г. взяли столицу Византии и три дня грабили, убивали и насиловали. На престоле был восстановлен Исаак Ангел. Но уже в феврале следующего года горожане взбунтовались, низложили Исаака и убили его сына. Трон занял Алексей Дука. Тогда крестоносцы вернулись и фактически истребили горожан, хотя папа, очевидно не желавший подобного, выступил против резни. Тем не менее этот факт лег пятном на его имя и считается одним из самых жестоких преступлений средневековья.