С ранних лет Джироламо был тих и не по летам серьезен. Поэтому в семье было решено, что младший из трех сыновей пойдет по стопам деда. Микеле успел воспитать в мальчике пристрастие к серьезным занятиям, но умер слишком рано. Единственным руководителем Джироламо стал Николо, который начал преподавать сыну философию, в те времена проникнутую духом схоластики. Учебниками Джироламо стали произведения Св. Фомы и арабские комментарии Аристотеля. Кроме того, он учился музыке и рисованию, а позже начал сочинять стихи.
Жизнь в Ферраре, как и в других крупных центрах Италии, изобиловала контрастами. Буйная роскошь соседствовала с нищетой. При герцогском дворе праздник сменялся праздником и царили весьма легкомысленные нравы. Недаром, побывав там по настоянию родителей, Савонарола, отличавшийся скромностью, напрочь отказался бывать на герцогских пирах.
Юношу удручали царящие вокруг несправедливость и разврат. Но ужаснее всего, по его мнению, вели себя священнослужители. По всей Италии осуждались порядки при дворе папы и в монастырях, где святые отцы не стеснялись жить в свое удовольствие, ничуть не заботясь о благополучии паствы. Трудно сказать, когда именно Савонарола сумел, задолго до Лютера, Кальвина и Цвингли, прийти к выводу о необходимости реформировать церковные и общественные нравы. Однако известно, что еще в юные годы он считал Библию главным источником духовного очищения.
Непрерывные размышления на религиозные темы сделали юношу крайне экзальтированным. Он много молился, начал видеть сны, которые считал пророческими, и обрел веру в собственное высокое предназначение. Именно ему, Савонароле, как думал юноша, предстоит исправить порочные нравы итальянцев и спасти Италию. Наконец у Джироламо созрело решение уйти в монастырь, чтобы там, в назидание другим, вести жизнь праведника. 24 апреля 1475 г. втайне от родителей он ушел из дома и пешком добрался до монастыря Св. Доминика в Болонье, где покоился прах основателя доминиканского ордена, к которому Савонарола относился с глубоким почтением.
Семь лет пробыл Савонарола в этом монастыре, проводя время в посте, молитвах и размышлениях. Но в 1482 г. монастырское начальство, ценившее образованность и ум молодого монаха, решило отправить его во Флоренцию. Так фра (брат) Джироламо оказался в обители Сан-Марко, бывшей фактически придворным монастырем флорентийских тиранов Медичи.
Первые проповеди Савонаролы, который считал себя пророком, вызвали у флорентийцев лишь насмешки. Привыкшие к проповедям, в которых главным считались остроты и цитирование античных источников, они встретили насмешками чудаковатого монаха, говорившего на непривычном для них наречии очень неприятные вещи. Савонарола призывал слушателей к скромности и добродетели, к отказу от увеселений и роскоши. Это не могло понравиться большинству флорентийцев, привыкших при своем правителе Лоренцо Медичи, прозванном Великолепным, к карнавалам и празднествам, боготворивших античную литературу и искусство и не читавших Библию только из боязни испортить себе стиль, так как латинский перевод Библии считался вульгарным.