После смерти Лоренцо Великолепного фактическим правителем Флоренции стал его сын, слабый и трусливый Пьеро Медичи, ни в чем не походивший на отца, одного из самых крупных политиков того времени. Не удивительно, что в 1494 г. вторгнувшийся в Италию французский король Карл VIII стал угрожать Флоренции. В городе вспыхнуло восстание, и Пьеро был вынужден бежать из родного города.
Савонарола видел во французах орудие божественного гнева, направленного против «греховной Италии». Это пришлось по нраву Карлу, без боя овладевшему городом. Поэтому с момента падения Медичи власть во Флоренции фактически оказалась в руках Савонаролы, и проповедник попытался воплотить здесь свое представление о государстве. Он считал, что главой государства является Христос, но свою волю он передает через пророка, то есть в данном случае через самого Савонаролу. Тем не менее по его инициативе в городе был проведен ряд демократических реформ: создан Большой совет, выполнявший законодательные функции, и Совет восьмидесяти – орган управления городом-государством, введен прогрессивный налог, ликвидированы долги бедняков, изгнаны ростовщики. Последнее было данью гуманизму и шло вразрез с воззрениями Савонаролы, который задолго до Кальвина пришел к выводу, что судьба любого человека заранее предусмотрена Богом: одним суждено быть богатыми, другим – бедными.
Главную цель государства Савонарола видел в том, чтобы вести его граждан к добродетели и нравственности, и начал реализовать эту идею на практике. Вскоре Флоренция изменила свой облик. На смену карнавалам и шумным празднествам пришли религиозные бдения. Люди с ночи шли в церковь на проповедь. Ремесленникам было запрещено производить предметы роскоши. Игрокам грозили высокие штрафы. Перед каждой трапезой отец семейства должен был произносить молитвы. Женщинам Савонарола предложил в подражание мусульманкам закрывать лица. По словам некоторых очевидцев, детей приучали доносить на родителей. Использовали их и в других целях. Например, вместо карнавалов по улицам города двигались шествия детей, которые пели гимны и собирали милостыню для бедных. На первых порах это умиляло, но стало вызывать раздражение позже, когда влияние Савонаролы пошло на убыль. А в январе 1497 г., в тот день, когда во Флоренции обычно начинался карнавал, было устроено «сожжение суеты» – факт, который лег черным пятном на всю деятельность Савонаролы-правителя. На огромном костре погибли зеркала, карты, косметика, дорогие предметы обихода. Наряду с этой мишурой были уничтожены также книги Боккаччо, Петрарки и других авторов, которые Савонарола считал безнравственными. Их судьбу разделили картины блестящих флорентийских художников, изображавших обнаженную натуру. А вершину костра венчала символическая фигура карнавала, в котором Савонарола видел не веселое празднество, а одну из причин развращенности флорентийцев.