Любопытно, но по натуре Филипп вовсе не был жесток. Его действиями управляло чувство долга, ибо главную свою обязанность он видел в борьбе с еретиками. Но именно благодаря этому король заслужил печальную славу палача Нидерландов, которую разделил со своим наместником, герцогом Альбой, посланным на усмирение восставшей страны.
Противостояние между королем и жителями Нидерландов началось давно. Здесь еще со времен Карла V ненавидели испанцев, а Филиппа – в первую очередь. Неприязнь была обоюдной, но на первых порах под влиянием отца новый король не стал менять порядки в этих землях и ограничился лишь подтверждением прежних указов, направленных против еретиков. Однако если при Карле их исполняли без особого рвения, то теперь король начал преследование слишком снисходительных чиновников, приказал отбирать имущество у лиц, которые эмигрировали по религиозным причинам, следить за странствующими ораторами и певцами и разрешил иезуитскому ордену обосноваться в Бельгии, хотя знал, что это вызовет протест населения.
Еще большее возмущение вызвало увеличение количества епископств – шаг, которым Филипп хотел усилить в стране влияние католицизма, только усилил протест. Дошло до того, что по просьбе правительницы Нидерландов, сводной сестры короля Маргариты Пармской, ненавидимый народом министр Гранвелла был отозван в Испанию. Но на его место в качестве военного усмирителя бунтовщиков в августе 1567 г. прибыл герцог Альба, полностью разделявший ненависть Филиппа к протестантам. Из чувства долга он залил провинцию кровью. В этом ему помогала введенная и здесь инквизиция.
Чтобы иметь оправдание в глазах соседних держав, Филипп представил дело о Нидерландах на инквизиционный суд, который принял поразительное решение: все, виновные в ереси, отступничестве или бунте либо не оказывавшие сопротивления названным категориям населения, обвинялись в измене. После этого 16 февраля 1568 г. король издал эдикт, по которому фактически весь народ Нидерландов за измену приговаривался к смерти и конфискации имущества «без надежд на какую бы то ни было милость». Чтобы создать видимость законности, в стране был учрежден Совет по расследованию волнений, получивший название Кровавого, который не менее широко, чем инквизиция, применял жестокие пытки. Председателем совета был Альба, только за первые полтора года его правления было казнено более 6 тыс. человек.
Не приходится удивляться тому, что народ Нидерландов, в начале правления Филиппа не помышлявший об отделении от Испании, восстал. В апреле 1562 г. взбунтовались северные районы страны, позже к ним присоединились южные. Жестокая война длилась очень долго и шла с переменным успехом. Но в 1581 г. Филипп II по постановлению Генеральных штатов (парламента) был низложен и северные Нидерланды превратились в независимое государство. Однако эту независимость Испания признала только в 1648 г. на Вестфальском конгрессе – когда прах Филиппа уже почти полвека находился в земле.