К этому времени будущий аятолла уже был широко известен как оппозиционер шахскому режиму. Еще в 30-е гг. лекции его были запрещены, однако он продолжал преподавать подпольно и сумел воспитать множество последователей. Недаром в конце 50-х гг. Хомейни стал аятоллой – религиозным деятелем высшего ранга. В то время в Иране их насчитывалось всего несколько сот человек.
Признанным лидером Ирана Хомейни стал не только благодаря преподавательской деятельности. Им было написано более 20 книг по исламской теологии, большинство которых посвящалось критике шахского режима за деспотизм и разрушение исламской культуры.
В 1962 г. отношения между промусульмански настроенными иранцами и властью особенно обострились. В октябре Пехлеви провел законопроект, разрешавший «неверным», т. е. немусульманам, избираться в органы государственной власти. Избранные получали право произносить клятву не только на Коране, но и на Библии. Для Хомейни и его последователей это было святотатством. Аятолла заявил: «Вы намереваетесь лишить Коран его официального статуса и… открыть путь врагам, предающим ислам и Иран». А кумское духовенство объявило законопроект противоречащим духу и букве иранской конституции и основным принципам шариата. Правительству направили ноты протеста, а верующим – специальное послание, призывавшее поддержать исламистов.
В ответ шах намеревался в январе 1963 г. провести в Тегеране «парад эмансипированных женщин», но организованные Хомейни и его сторонниками демонстрации и акции протеста заставили его отступить. Аятолла тут же призвал иранцев к свержению шахского режима вооруженным путем. В стране под руководством духовенства вспыхнуло восстание, которое было жестоко подавлено. Хомейни дважды арестовывали, но высшее духовенство объявило его «Аятоллой аль-Озма». Этот титул, который имеют менее десятка шиитских религиозных деятелей, сделал лидера неприкосновенным для светского суда.
Тогда шах пошел на крайние меры. 4 ноября 1964 г. в дом аятоллы ворвались десантники, которые отвезли Хомейни в аэропорт. Оттуда транспортный самолет ВВС Ирана доставил его в Анкару. Только в 1965 г. аятолла получил разрешение перебраться в Ирак. Он обосновался в хорошо знакомом ему Наджафе, откуда продолжил руководство революцией. Здесь он прочитал курс лекций, который был записан на магнитофон и переправлен в Иран.
Народ видел в Хомейни человека, на которого снизошла Божья благодать. Ведь недаром Хомейни был сеидом, потомком пророка Мухаммеда, и в отличие от других мусульман имел право носить черную чалму. Сам он тоже считал, что выражает волю небес, сопротивляясь «незаконной власти», противопоставляющей себя воле Аллаха.