Учитывая ситуацию, власти Ирана добились от Ирака лишения Хомейни вида на жительство, и он был вынужден перебраться во Францию. Из парижского пригорода аятолла продолжал руководить оппозицией. Отсюда по телефону его сторонники передавали обращения к народу, которые потом зачитывали в мечетях 180 мулл, верных его идеям.
В августе 1978 г. Хомейни издал фетву (воззвание) о свержении шаха. 16 января 1979 г. под давлением коммунистов, либералов и шиитов тот был вынужден бежать. Шах нашел пристанище в США, за что Хомейни объявил эту страну «Великим Сатаной», изгнал из Ирана 85 тыс. американцев и потребовал выдачи беглеца. Американцы отказались это сделать. Тогда аятолла приказал разгромить американское посольство, что и выполнили находящиеся под его влиянием студенты. В заложники было взято 90 человек, в том числе жены, дети и прислуга дипломатов. Лидера Ирана не испугала даже длившаяся несколько лет международная изоляция страны. Пленники пробыли в неволе почти два года и были освобождены только после прихода к власти Р. Рейгана.
Хомейни вернулся на родину через две недели после бегства шаха. Три дня сторонники аятоллы сражались с шахской гвардией и верными монарху военными частями, а потом брошенные шахом военнослужащие начали переходить на сторону восставших. Ранним утром 12 февраля иранское радио сообщило о победе исламской революции и о предоставлении верховной власти «высшему богословскому авторитету, законоведу, знатоку Корана и всех почитаемых мусульманами книг, уважаемому всеми верующими так, что его мнение воспринимается беспрекословно», то есть Хомейни. Эпоха светской государственности в стране закончилась: «тиранию короны» сменила «тирания тюрбана». Победители начали охоту за сторонниками прежнего режима. Были созданы комитеты и трибуналы, в обязанности которых входили поиски и расстрел сотрудников шахской охранки, армейских офицеров, чиновников, предпринимателей и интеллигенции. Женщины, осмелившиеся сбросить чадру, подвергались публичным издевательствам, пыткам и казням. По мусульманской традиции их забивали камнями.
Сразу же в стране утвердился культ Хомейни. Стали создаваться легенды, в которых его наделяли сверхъестественными способностями. Например, говорили о том, что он может оценивать людей по глазам, а поэтому избегает телефонных разговоров. И действительно, собственного телефона иранский лидер никогда не имел. Всю жизнь Хомейни жил аскетом. Немалые доходы от принадлежащих ему земельных наделов, на которых трудились около 3 тыс. крестьян-арендаторов, шли на выплату стипендий ученикам Хомейни, талибам, а также на поддержку боевых арабских организаций за рубежом.