С 1943 г. Энвер Ходжа возглавил компартию (в 1948 г. переименована в Албанскую партию труда – АПТ). Тогда же обозначились успехи албанских партизан. Осенью они освободили г. Дебар, центр населенного албанцами района Югославии, и водрузили над ним государственный флаг Албании – красный флаг с двуглавым орлом. Это привело к первому албано-югославскому конфликту. По мере распада итальянской армии немцы начали оккупацию Албании, сумев внести при этом раскол в движение Сопротивления. Тогда в мае 1944 г. коммунисты создали Антифашистский национально-освободительный совет, а в октябре было сформировано правительство, в котором Ходжа, оставаясь главкомом, стал премьер-министром и министром иностранных дел. В это время началось отступление немцев, и 28 ноября отряды коммунистов вошли в Тирану – столицу Албании. Коммунисты упрочили свое положение после выборов в Учредительное собрание, узаконившее их власть.
По окончании войны разгорелся конфликт между Ходжей и лидером Югославии Тито. До 20 июня 1948 г. Албания для осуществления своих амбициозных планов индустриализации и модернизации вовсю использовала финансовую и военную помощь Югославии. В стране создавались смешанные компании, работали югославские специалисты и военные советники. Однако Тито стремился создать под эгидой Югославии балканскую федерацию, куда должна была войти и Албания. Косово и Метохия тогда стали автономными областями Югославии. Но подобный союз противоречил, в первую очередь, планам Сталина, а также планам Ходжи. Культ Ходжи уже складывался вовсю. Его именем стали называться предприятия; был введен первый пятилетний план, в создании которого участвовали и Сталин, и Ходжа. В стране развернулась индустриализация, коллективизация сельского хозяйства.
В ноябре 1949 г. произошел полный разрыв между Сталиным и Тито. Сталин назвал режим Тито «фашистским» и призвал его свергнуть. Энвер Ходжа решил использовать эту ситуацию для решения вопроса Косово и Метохии в пользу Албании. В письме к Сталину он, как бы прося у вождя СССР совета, писал: «Мы считаем, что Косово, Метохия и часть пограничной с Албанией Македонии с албанским населением после освобождения Югославии от когтей Тито… должны быть присоединены к Албании». Ходжа пошел на разрыв всех отношений с Югославией, вплоть до закрытия в 1953 г. границы. В самой же Албании начались «чистки». Ходжа сводил счеты с влиятельной проюгославской группировкой внутри АПТ, особенно с К. Дзодзе, бывшим тогда секретарем ЦК и министром внутренних дел. Он был арестован и казнен. Политические «чистки» продолжались до середины 50-х гг.