Во время войны против японцев на Тихом океане лейтенант Маркос служил в армейской разведке, участвовал в рейдах по тылам врага, в боевых операциях, а в апреле 1942 г. попал в плен и угодил в концлагерь. Совершив побег, он присоединился к партизанам Северного Лусона. Войну он закончил в звании майора, состоя в военно-юридической службе армии США; был членом Партизанского совета Северного Лусона по проверке политической благонадежности. За годы войны Маркос получил 28 воинских наград и 5 ранений.
С таинствами большой политики Маркос столкнулся после провозглашения независимости Филиппин, когда ему пришлось служить техническим помощником президента А. Рохаса. В 1949 г. произошел взлет его политической карьеры – Маркоса избрали в палату представителей конгресса страны. Он тогда говорил: «Голосуйте за меня, и через 15 лет вы будете иметь илоканского президента». Удачная деятельность на этом посту выдвинула Маркоса в число «десяти выдающихся конгрессменов», что дало ему возможность в 1959 г. стать сенатором. Являясь вице-президентом либеральной партии, он руководил оппозицией при президенте Д. Макапагале, своем предшественнике.
В 1965 г. наконец сбылась мечта Ф. Маркоса – он стал президентом. Большую роль в этой победе сыграла его жена Имельда. Она происходила из богатого клана Ромуальдес, тесно связанного с американцами. В 15 лет Имельда была «Королевой красоты» города Тлосы, она получила прекрасное образование, став бакалавром искусств и просвещения, а затем победила на конкурсе «Мисс Манила». В 1954 г. она вышла замуж за Маркоса. В избирательной кампании мужа Имельда приняла такое деятельное участие, что он назвал ее своим «секретным оружием». В 70-х гг. она стала губернатором Большой Манилы, министром жилищного строительства и окружающей среды. Кроме своей политической деятельности, Имельда подарила мужу троих детей.
Став президентом, Маркос мгновенно изменил либеральной партии, перешел в националистическую и тут же получил всестороннюю поддержку со стороны США. В благодарность за это он предоставил американцам двухтысячный инженерный батальон, когда они начали войну во Вьетнаме. Мероприятия по развитию инфраструктуры дали ему возможность быть переизбранным в 1969 г. на новый президентский срок. Тогда Маркос провозгласил намерение ликвидировать бедность, социальное неравенство. Проводя политику «личной дипломатии», он отказался поддерживать «холодную войну», встав на путь консолидации региона Юго-Восточной Азии. Однако большинство мероприятий президента натолкнулись на сопротивление со стороны Конгресса. Кроме того, ему противостояли различные политические партии. В то же время страну стали захлестывать студенческие и крестьянские волнения, коммунистическое повстанческое движение в сельской местности и партизанское движение маоистов в городах. Волна насилия и организованной преступности нарастала, и в этих условиях президент 21 сентября 1972 г. провозгласил в республике чрезвычайное положение. Правительство ввело государственный контроль над экономикой, взяло курс на проведение земельной реформы, увеличение занятости, повышение зарплаты. Маркос заявил: «Наше общество должно выбрать между демократизацией богатства и его уничтожением. Нашему обществу необходимы коренные, фундаментальные изменения. И следовательно, революция неизбежна». Правда, революцию он предложил совершить мирными средствами при полном соблюдении прав человека.