Свой успех, свою победу он, можно сказать, сложил к ногам невесты, и в условиях начавшейся войны свадьбу решили далее не откладывать - 5 марта 1904 г. Александр Васильевич Колчак и Софья Федоровна Омирова обвенчались в Иркутске, откуда через несколько дней и разъехались.
В Порт-Артуре Колчак служил сначала на кораблях: вахтенным начальником на крейсере "Аскольд", артиллерийским офицером на минном заградителе "Амур", командиром эскадренного миноносца "Сердитый". На поставленной им к югу от Порт-Артура минной банке подорвался и погиб японский крейсер "Такасаго". В ноябре, после тяжелой пневмонии, перешел на сухопутный фронт. Командовал батареей морских орудий (47 и 120 мм) в вооруженном секторе Скалистых гор. Награжден орденом Святой Анны IV степени с надписью "За храбрость". В момент сдачи крепости (20 декабря) еле держался на ногах и вновь угодил в госпиталь - не столько из-за ранения, сколько из-за суставного ревматизма в очень тяжелой форме: Север подорвал его здоровье13.
Попал в плен. Начав поправляться, был перевезен в Японию. Война еще шла, Мукден был позади, Цусима - впереди, русские офицеры рассматривались как достойный уважения противник. "В Нагасаки партия наших больных и раненых получила очень великодушное предложение японского правительства, переданное французским консулом, о том, что правительство Японии предоставляет нам возможность пользоваться, где мы захотим, водами и лечебными учреждениями Японии или же, если мы не желаем оставаться в Японии, вернуться на родину без всяких условий. Мы все предпочли вернуться домой"14.
В апреле-июне 1905 г. Колчак проделал путь через Америку в Петербург. За отличие под Порт-Артуром он был пожалован золотой саблей с надписью "За храбрость" и орденом Святого Станислава II степени с мечами. Врачи признали его совершенным инвалидом и отправили лечиться на воды; лишь через полгода он смог вернуться в распоряжение ИАН.
До мая 1906 г. приводил в порядок и обрабатывал экспедиционные материалы. РПЭ доставила столь богатые научные данные, что для их разработки понадобились многолетние усилия и русских и иностранных ученых. Подготовка общего научного отчета о работах РПЭ была разделена между Бирулей и Колчаком, который взял на себя его вторую половину, но не успел завершить труд. Не довел он до печати и монографию о картографических работах РПЭ. Главным научным трудом А.В. Колчака стала его книга "Лед Карского и Сибирского морей"15, в основе своей написанная во время зимовок на Таймыре и Новосибирских островах.
10 января 1906 г. на объединенном заседании двух отделений Императорского Русского Географического общества Колчак сделал сообщение об экспедиции на остров Беннетта16, а 30 января Совет ИРГО (в присутствии П.П. Семенова-Тян-Шанского, М.А. Рыкачева, Ф.Н. Чернышева, Н.Я. Цингера, В.И. Ламанского, Н.И. Веселовского, Ю.М. Шокальского, Ф.И. Щербатского) присудил ему "за необыкновенный и важный географический подвиг, совершение которого сопряжено с трудом и опасностью", высшую награду ИРГО Большую золотую Константиновскую медаль.