За этим последовал новый поворот в судьбе.
Революция пятого года, можно сказать, не коснулась Колчака (да он ее и не наблюдал). "Я этому делу не придавал большого значения. Я считал, что это есть выражение негодования народа за проигранную войну, и считал, что главная задача, военная, заключается в том, чтобы воссоздать вооруженную силу государства. Я считал своей обязанностью и долгом работать над тем, чтобы исправить то, что нас привело к таким позорным последствиям... у нас настолько не обращалось внимания на живую подготовку во флоте, что это было главной причиной нашего поражения... Я считал, что вина не сверху, а вина была наша - мы ничего не делали"17.
Офицерский состав флота пришел в состояние упадка и деморализации. Многие погибли. Значительная часть офицеров ушла в отставку, не видя в будущем "ничего светлого для флота"; "осталось их на службе очень немного, и по большей части это молодежь, обязанная платить за полученное образование"; заграничные плавания прекратились, время пребывания в море сократилось донельзя, и соблазны берега усилили свое развращающее действие"; "при недостатке офицеров вообще приходилось много еще увольнять по суду, что было очень прискорбно"18.
Колчак оказался в узком кругу тех морских офицеров, которые взяли на себя задачу воссоздания и научной реорганизации русского военного флота. В январе 1906 г. он один из четверых основателей и председатель полуофициального офицерского Санкт-Петербургского Морского кружка. Вместе с другими его членами разработал записку о создании Морского Генерального штаба (МГШ) как органа, ведающего специальной подготовкой флота к войне. МГШ создан в апреле 1906-го, Колчак назначен в него в числе первых двенадцати офицеров, выбранных из всего русского флота. Заведовал в МГШ Отделением русской статистики.
МГШ, изучив совместно с сухопутным Генштабом общую военно-политическую обстановку, пришел к выводу: Германия начнет войну в 1915 г. и России придется выступить против нее. Исходя из этого, МГШ разработал военно-судостроительную программу (с опорой на линейный флот), одним из главных составителей которой опять-таки был Колчак. Как докладчик и эксперт, он пытался продвинуть эту программу в Государственной Думе.
Член думской Комиссии по государственной обороне Н.В. Савич вспоминал, что в МГШ "собралось все то лучшее из молодежи, что смогли выделить уцелевшие остатки боевого флота. Тут кипела жизнь, работала мысль, закладывался фундамент возрождения флота, вырабатывалось понимание значения морской силы, законов ее развития и бытия. Вот с этими-то элементами Морского ведомства нам и пришлось впервые столкнуться в ноябре 1907 года. Морское министерство умело, когда нужно, показать товар лицом, пустить пыль в глаза. Действительно, первое впечатление от этих встреч было подкупающим. И среди этой образованной, убежденной, знающей свое ремесло молодежи особенно ярко выделялся молодой, невысокого роста офицер. Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность выявляли отличительные черты его духовного склада, волю, настойчивость в достижении, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность. Его товарищи по штабу окружали его исключительным уважением, я бы сказал даже, преклонением; его начальство относилось к нему с особым доверием. По крайней мере во все для ведомства тяжелые минуты - а таких ему пришлось тогда пережить много - начальство всегда выдвигало на первый план этого человека как лучшего среди штабных офицеров оратора, как общепризнанного авторитета в разбиравшихся вопросах... Колчак был страстным защитником скорейшего возрождения флота, он буквально сгорал от нетерпения увидеть начало этого процесса, он вкладывал в создание морской силы всю свою душу, всего себя целиком, был в этом вопросе фанатиком"19.