(Еще несколько слов о причастности А.В. Колчака к исследованию Арктики. В мае 1912 г. он заседает в комиссии, рассматривавшей план экспедиции Г.Я. Седова к Северному полюсу, критикует существенные недостатки плана и, по сути дела, выступает против престижной гонки к полюсу, в пользу практического освоения доступных для плавания морей. В 1918-1919 гг. создает при своем правительстве Дирекцию маяков и лоций и Комитет Северного морского пути. Под властью Омского правительства в 1919 г. организованы Карская экспедиция, исследования в низовьях Оби и Енисея, отправлено судно к устью Колымы. Освоение Арктики до конца жизни Колчака оставалось предметом его интересов и забот.)
Не без сомнений прочел Колчак во Владивостоке телеграмму морского министра С.А. Воеводского и начальника МГШ светлейшего князя А.А. Ливена просьбу вернуться в Морской Генеральный штаб. И все же: "У меня опять явилась надежда, что, может быть, удастся дело направить"22.
Почти полтора года - второй период работы Колчака в МГШ. В этот же период он прочел на дополнительном курсе Военно-морского отдела Николаевской морской академии цикл лекций об организации военно-морского командования, вылившийся в книгу "Служба Генерального штаба" (1912). В МГШ Колчак был теперь начальником Первого оперативного отдела, другими словами, заведовал Балтийским, то есть основным, театром и, таким образом, ведал всей подготовкой флота к войне. Участвовал в маневрах Балтфлота. Стал специалистом в области боевых стрельб и в особенности минного дела, к которому тогда относили и использование торпед. Занимался военным судостроением - разрабатывал, в частности, детали нового типа крейсеров (таких, как "Кинбурн").
Движение за обновление флота, недавно слабое, теперь широко распространилось. Выступая против подражания чужому флоту, хотя бы и британскому, новаторы полагали, что России нужны корабли более быстроходные и маневренные, с более мощным вооружением, а также новые типы судов. Выполнение программы перевооружения ВМФ задержалось в конечном счете примерно на два года (именно этот "мертвый период" Колчак и использовал для ГЭ СЛО), но в 1914-1915 гг. уже стали вводиться в строй корабли новых типов - эсминцы типа "Новик", первые русские линкоры типа "Севастополь", строились крейсеры типа "Исмаил" ("сверхдредноуты"), и в 1914-1917 гг. Колчак уже использовал в боевой обстановке новейшие русские корабли. В боевой подготовке флота и его моральном состоянии также наметился перелом, особенно ощутимый на Балтике, где флотом командовал Н.О. фон Эссен.