В чине капитана 2-го ранга Колчак в мае 1908 г. стал командиром спущенного на воду "Вайгача". Будучи, как и "Таймыр", судном военным (имелось пушечное и пулеметное вооружение), "Вайгач" был оборудован специально для картографических работ. Вообще же ГЭ СЛО получила самое современное по тем временам оснащение для жизни в Арктике и проведения там научных исследований. В числе прочего корабли были оснащены радиотелеграфными установками, что позволяло им держаться в некотором отдалении друг от друга, ведя взаимодополняющие исследования. Весь экипаж экспедиции состоял из военных моряков (от командира до матроса добровольцы). На всех офицеров возлагались научные обязанности, судовые врачи одновременно были биологами-натуралистами.
В октябре 1909 г. суда вышли из Петербурга, в июле 1910-го прибыли во Владивосток - основную базу ГЭ СЛО. В августе-октябре, из-за краткости оставшейся навигации, совершили лишь плавание в Берингово и Чукотское моря. Главная задача - освоиться с условиями работы в Арктике - была решена с успехом в значительной степени благодаря Колчаку: он обладал тогда среди всех участников экспедиции наибольшим полярным опытом и умел этим опытом делиться.
Год плавания во главе исследовательского судна, год нового участия в коллективном творческом труде. Регулярные метеорологические и гидрографические наблюдения. На всех якорных стоянках - замеры течений. Змейковые подъемы метеорографов в Атлантике, Красном море, Индийском океане. Гидрографические станции в акваториях всех четырех океанов. Сборы морской и береговой фауны и флоры. При каждом удобном случае - гидробиологическое траление, драгирование, планктонные уловы. Океанографический разрез Берингова пролива, впервые выполненный "Вайгачом" и в том же плавании им повторенный (сам Колчак больше всего и занимался океанографией). Отработка умения парного плавания исследовательских судов: взаимодействие, подстраховка. Тесный научный круг на борту "Вайгача", включающий вахтенных начальников и судового врача: Г.А. Клодта фон Юргенсбурга, Б.А. Нольде, А.Н. Минина, Г.Л. Брусилова (вскоре погибшего в самостоятельной экспедиции), К.К. Неупокоева, Н.А. Гельшерта, Э.А. Арнгольда - все эти имена остались в истории арктических исследований.
В конце 1910 г. Колчак уехал в Петербург, но многое основополагающее для ГЭ СЛО, этой наиболее результативной русской арктической экспедиции21, он успел сделать.
("Колчак-Полярный", - представит его Анне Васильевне С.Н. Тимирев при их первой встрече, и это будет звучать примерно так же, как "Потемкин-Таврический" или "Семенов-Тян-Шанский".)