Зная, что Сталин хорошо разбирается в авиастроении, Абакумов подготовил сообщение о конкретных технических недостатках самолета «Як-9у».
— Самолет имел следующие недостатки: крылу не хватало прочности, что неизбежно влекло к авариям и катастрофам; не имел пылефильтров, что приводило к преждевременному износу и выходу мотора из строя; не был оснащен радиомачтой, из-за чего почти вдвое уменьшался радиус действия связи; плохо вентилировалась кабина летчика, что приводило к повышению в ней температуры до 45° и затрудняло работу летного состава. Кроме того, самолет не давал заданной правительством скорости.
Будников и Григорян, зная об этом, не приняли мер к прекращению выпуска этих самолетов и скрывали от правительства преступные действия Шахурина. Скрывали от наркома обороны истинное положение с этим самолетом.
В 1944 г. Шиманов и Селезнев выезжали на завод № 301, где военпредом было забраковано около 100 самолетов «Як-9у», и распорядились продолжать приемку самолетов с рядом недоделок. В воинские части было направлено около 4000 таких бракованных самолетов. На 2267 самолетах «Як-9у», поступивших в ВВС, из-за конструктивных и производственных недоделок были запрещены полеты. Допрошенный в качестве свидетеля начальник отдела технической эксплуатации 2-й воздушной армии инженер-подполковник Гребенников Н. Б. показал: «За период с апреля 1945 г. по март месяц с. г. включительно в частях 2-й воздушной армии эксплуатировались 113 самолетов «Як-9у» с мотором «ВК-107а». При эксплуатации из-за конструктивных недоработок и производственных дефектов имели по самолету — 179 случаев дефектов и отказов, из которых 170 случаев привели к невыходу в полет и 2 случая к поломке самолетов, по мотору — 31 случай дефектов и отказов, которые привели к двум авариям самолетов, преждевременной съемке 21 мотора, 8 невыходам в полет».
В 1943 г. Шахурин запустил в серийное производство с крупными недоделками самолет «Як-3» с мотором «ВК-105 ПФ», который не проходил войсковых испытаний, а также не был испытан на прочность, вследствие чего в частях ВВС, вооруженных самолетами «Як-3», происходили аварии и катастрофы с человеческими жертвами.
Инженер-подполковник Жуков, начальник отдела эксплуатации и войскового ремонта 16-й воздушной армии, показал: «Крупными дефектами конструктивно-производственного порядка на самолетах «Як-3» явилось отставание верхней обшивки крыла. Подобные дефекты имели место на 40 % самолетов, имевшихся на вооружении в частях. Наличие таких дефектов у самолетов приводило к вскрытию обшивки в воздухе и неизбежно, в таких случаях, к аварии, поломкам, вынужденным посадкам и в ряде случаев катастрофам».