Эти ударные подразделения формировались на базе местных погранотрядов и поначалу возглавлялись начальником или начальником штаба пограничного отряда. В состав отряда отбирали пограничников, прослуживших не менее года и хорошо зарекомендовавших себя. Учитывая секретность миссии, незадолго до начала боевых действий поступила команда сдать все документы, письма, а также зеленые фуражки и погоны, указывавшие принадлежность к пограничным войскам. Перед сводными отрядами была поставлена «простая» задача: защитить местное население от бесчинств бандитов и обеспечить безопасность границы СССР. Командование прекрасно понимало всю сложность участия пограничников в войне, которая все больше приобретала черты партизанской. Несмотря на хорошую полевую выучку, никто из состава СБО не имел боевого опыта и по живому человеку никогда не стрелял.
Команда на переход государственной границы для первых СБО поступила 6 января 1980 г. Формально эта дата считается началом участия пограничников в Афганской войне, однако заметим, что «зеленые фуражки» появились на территории соседней страны по крайней мере на три месяца раньше. Дело в том, что еще 4 сентября 1979 г. в Кабул для охраны посольства СССР прибыл отряд пограничников численностью до 50 человек. Для обеспечения их деятельности и решения других задач были направлены два пограничных вертолета Ми-8Т с экипажами из 10-го оап (принадлежали Краснознаменному Восточному погранокругу, или, проще, КВПО). Интересно, что вертолеты перекрасили под аэрофлотовские, получили фиктивные гражданские номера, но при этом оставили вооружение.
Возвращаясь к событиям января 1980 г., отметим, что с некоторыми трудностями, однако СБО Хорогского пограничного отряда вскоре вертолетами и наземным транспортом был переброшен в район кишлака Нусай. Буквально через несколько недель на территории Афганистана стали базироваться и другие отряды.
На тот момент основными формами ведения боевых действий стали засадные действия на вероятных путях передвижения бандгрупп и рейдовые операции вдоль границы. За короткий срок силами сводных боевых отрядов и мотоманевренных групп были прикрыты (путем выставления гарнизонов на афганской территории) наиболее опасные направления на советско-афганской границе – Пянджское и Памирское, а также создана сплошная 15-километровая зона безопасности вдоль всей границы. В этот период численность пограничной группировки в Афганистане составляла около 2,5 тысячи человек с учетом мобильных резервов и пограничной авиации, действовавших с территории Советского Союза. Практически с первых дней в тесном взаимодействии с СБО действовала и авиация погранвойск, которая вела разведку, а также наносила ракетно-бомбовые удары по выявленным скоплениям моджахедов.