Племена, входившие в Тюркский каганат, длительное время пользовались руническим письмом. Столь необычное название оно получило за сходство с алфавитом, который применяли скандинавские и древние германские народы прежде всего для культовых и памятных надписей. Дело в том, что указанное древнетюркское письмо, вызвавшее, на первый взгляд, весьма необычную аналогию, было открыто на камнях в районе Енисея в 20-е годы XVIII века немецким ученым Д. Г. Мессершмидтом, состоявшим на службе у русского царя Петра I, и сопровождавшим его пленным шведским офицером Ф.-И. Страленбергом.
Позднее археологи нашли чисто уйгурские памятники, написанные этим письмом. Они датируются VIII–IX веками. Создав основы собственной государственности, уйгуры обнаружили интерес к развитию письменности, что позволило им улучшить управление, упорядочить систему учета, стабилизировать дипломатические сношения с соседними народами и т. д. Особенно заметно данная тенденция проявила себя после их переселения на территорию современного Синьцзяна.
Буквенно-звуковое письмо появилось у уйгуров в конце I тыс. и восходит через согдийский к одному из сирийско-арамейских алфавитов. Уйгурским письмом пишут сверху вниз, своеобразно нанизывая буквы на вертикальную черту, строки размещаются слева направо.
После того как уйгуры покинули Орхон, они еще продолжали использовать оба вида письма, о чем наглядно свидетельствуют выявленные специалистами документы, но со временем новый алфавит стал играть главенствующую роль. В связи с постепенным переходом к оседлому образу жизни и быстрым распространением буддизма в уйгурской среде резко возросло количество грамотных, а в дальнейшем и весьма образованных людей.
Центрами знаний были монастыри, где молодые послушники обучались грамоте, а монахи-интеллектуалы, владевшие, в частности, санскритом, китайским, тибетским и иными языками, переводили на уйгурский религиозную литературу. Неудивительно, что большинство сохранившихся уйгурских текстов той поры — это памятники буддийского, а также манихейского и христианского содержания. Вместе с деловыми бумагами, хозяйственными записями, личной перепиской и т. д. они отражают колоссальные перемены, произошедшие в обществе со времени образования в степях Монголии Уйгурского каганата. Существенно изменился и язык уйгуров: заметно обогатилась лексика, значительно разнообразнее стали грамматические и стилистические формы.
Выдающийся ученый XI века, основоположник тюркологии Махмуд Кашгарский писал: «Язык уйгуров тюркский, но кроме него у них есть еще и свой особый говор, на котором они говорят между собой. Письменность у них тоже тюркская, состоит из 24 букв… Однако помимо этой письменности у уйгуров и китайцев имеется и другая письменность, которой они пользуются при написании книг или ведении официальных бумаг».