последних строках письма Вюст и Зиверс подчеркивали, что в сложившихся условиях они как представители Аненербе наотрез отказались ходатайствовать перед Имперским министерством воспитания и образования о присуждении Вирту научной степени. Не имея возможности продолжать свою работу в рамках «Наследия предков», Вирт теперь потерял всякие надежды и на научную карьеру. Он был подавлен.
Это письмо как никакой другой документ того времени показывало, что Вирт мог продолжить свою исследовательскую деятельность только в одном случае. Он должен был оставить все посты и покинуть Аненербе. Этот шаг он сделал в декабре 1938 года.
Так закончилась не только карьера Вирта, но и второй немаловажный период в истории «Наследия предков», время, когда были созданы все условия для принятия нового, третьего Устава общества. Но все эти подводные течения были незримы для стороннего наблюдателя. Внешне Аненербе производило впечатление сплоченной и монолитной структуры. Гиммлер пытался замять возможные негативные последствия «изгнания» Вирта. Он начал демонстративно проявлять интерес к тем людям, которые еще недавно считались друзьями и спонсорами неугодного исследователя (сенатор Розалиус, Матильда Мерк и т.д.). И тут Зиверс выступил как талантливый дипломат. Он заявил, что свои пожертвования они получат назад не от Вирта, а из кассы Аненербе.
Бурные разборки между Виртом и новым руководством Аненербе, как ни парадоксально, фактически никак не отразились на деятельности «Наследия предков». После того как в 1938 году рухнули надежды Вирта создать собственную кафедру в Берлинском университете и получить титул профессора, он отправился в свой дом в Марбурге, где вел жизнь отшельника. Надо подчеркнуть, что он не таил зла на рейхсфюрера и по мере возможности поддерживал с ним контакт. Этому способствовало и то, что, покинув Аненербе, Вирт все-таки остался гаупштурмфюрером СС, подчиненным лично Гиммлеру. Проведя несколько лет в изоляции, Вирт все же защитил в 1941 году диссертацию и получил звание «профессора — исследователя истории древней символики и религиозности». Этот факт можно было бы не упоминать, если бы после войны не всплыли документы, говорящие о том, что Гиммлер лично противодействовал этому. Получалось, что отношение Гиммлера к нему не изменилось даже после того, как сын Вирта вступил в СС, а у себя на Родине, в Голландии, ученый как пособник нацистов был объявлен вне закона. В 1944 году Герман Вирт получил в Геттингене кафедру этнографии, но покинул ее из-за конфликта с местной профессурой.