Обвинив брата в измене, Иван 1У велел взять его под стражу и отправил в ссылку в Старицу. Более суровое наказание постигло мать Владимира. Ефросинию насильно доставили из Старицы на подворье Кирилло-Белозерского монастыря, и 5 августа 1563 года игумен Васьян постриг ее в монашеский чин.29 В монашестве Ефросиния приняла имя старицы Евдокии.
Далее власти осуществили далеко идущие санкции. Двор князя Владимира Старицкого подвергся самой основательной чистке. Власти позаботились о роспуске удельной Боярской думы.30
В октябре 1563 года царь Иван Васильевич вновь ездил в Старицу, «пировал там и прохлаждался в удельно-дворцовых селах».31 Как потом оказалось, этот приезд царя носил профилактический или как бы инспекционный характер. Уже в ноябре этого же года Грозный проводит, на первый взгляд, безобидное, а на самом деле знаменательное мероприятие. Он выменивает у Владимира Андреевича город Вышгород с уездом и ряд волостей в Можайском уезде, отдав ему взамен город Романов на Волге.32
С введением опричнины начались казни и опалы на неугодных царю лиц, «изменников» и «заговорщиков», и. главным образом, против тех, кто в той или иной степени симпатизировал Владимиру Старицкому, поддерживал его притязания на царский престол.
К началу 1566 года опричный порядок настолько глубоко уже пустил корни, что можно было без особого опасения подвергнуть опричной ломке и самого крупного из удельных властителей — старицкого князя. Если в 1563 году у князя был «переменен» весь состав его двора, то в начале 1566 года царь Иван Грозный сменил территорию его удела. В виде компенсации двоюродный брат царя получил из казны обширные владения в других уездах страны. За «покинутые» удельным государем города Старицу, Алексин и Верею, Владимир Андреевич получил города Дмитров, Боровск, Стародуб Ряполовский и село Мошок под Муромом.33
В мае 1569 года Турция предприняла попытку захватить Астрахань. Князь Владимир Старицкий был назначен главнокомандующим русскими войсками и вскоре направился в Нижний Новгород. По пути он остановился в Костроме, где «духовенство да боярство давно недовольное опричными казньми», демонстративно устроили старицкому князю пышную встречу.
Встреча не осталась незамеченной царем Иваном Грозным, который в это время вынашивает решение покончить с мятежным двоюродным братом. Такое решение выдвигало перед царем некоторые проблемы морального характера. В незапамятные времена церковь канонизировала Бориса и Глеба ради того, чтобы положить конец взаимному кровопролитию в княжеских семьях. Братоубийство считалось худшим преступлением. Прежние «провинности» князя Владимира были все же недостаточными, чтобы оправдать осуждение его на смерть — нужны были более веские улики. Так было положено начало сфабрикованному делу Старицких.