В 1555 году на Московском соборе возник вопрос об открытии в Казани святительской кафедры, на которую был избран святой Гурий и к нему в «сотрудники», то есть в помощники, был дан Герман.
По прибытии в Казань, архипастырь Гурий указал Герману местожительство в городе Свияжске, и для просветительской деятельности ему была назначена нагорная (правая) сторона Казанского края.
Первым делом Германа было устройство «на иждивение царской казны Успенского монастыря в городе Свияжске. При нем были там построены и доныне существующие Соборный храм в Честь Успения Пресвятой Богородицы и церковь Святого Николая, также каменная с колокольнею и трапезою».44
Новая обитель была обеспечена крестьянскою землею, рыбною ловлею, «царскими щедротами» и т. д. Сам же Герман жил в простой деревянной келье, под колокольнею церкви Святого Николая. Он вел строгую аскетическую жизнь по образцу Волоколамской обители и был примером для всей братии монастыря. Вся его жизнь проходила в трудах по внешнему благоустройству Свияжского монастыря. Много заботился Герман и о духовном просвещении не только братии обители, но и в пределах своего миссионерского округа. В монастыре была собрана большая библиотека «в целях просвещения магометан и язычников». Также в обители его трудами была создана школа для обучения «инородческих детей».45
5 декабря 1564 года скончался святой Гурий, первый Казанский архиепископ. Собор Святителей в Москве 1564 года вместе с царем Иваном Грозным избрали на его место ближайшего помощника архимандрита Свияжского монастыря Германа. 12 марта он был «хиротонисан в сан Казанского архиепископа».46
На святительской кафедре архиепископ Герман проявил необычайную ревность в устройстве монастырей, в благоустройстве архиерейского дома и т. д. Но, к сожалению, слишком кратковременным была его служба на Казанской кафедре. Через два года Герман «принужден» был согласиться, и «наречен был Московским митрополитом».47
6 ноября 1567 года святитель Герман скончался «от моровой язвы» в Москве. Митрополит (впоследствии Патриарх) Гермоген в составленном им житии святителя Германа писал: «… Преставися сей преподобный архиепископ Герман в царствующем граде Москве, в лето 7076, ноября в 6 день; пас церковь Божию три лета и месяцев восемь; б же тогда мор силен; повеле же себе положити в чину святительском, якоже поведают ученицы его, обаче тогда не сподобися святительски погребен быти, не сущу бо тогда митрополиту, ни иному кому обрестися, но тако просто погребен бысть архимандритами паствы своея Свияжским Иродионом и Казанским Иеремием, в чину святительском, якоже повеле, у церкви св. Николая, иже зовется Мокрый».48