Как отмечают исследователи, именно в Москве, благодаря святителю Иову состоялась встреча святого Патриарха Гермогена и преподобного Дионисия, положившая началу их совместному служению Церкви и Отечеству.88
Блаженный Патриарх Гермоген весьма любил Дионисия и ставил его в пример другим: «Смотрите на Старицкого архимандрита; никогда не оставит он церковной службы, и он всегда на царских собраниях.
Когда дурные люди волновали народ против царя Василия Ивановича Шуйского, Старицкий архимандрит уговаривал беспокойных людей помнить, что они христиане».89
События Смуты развивались по своей внутренней диалектике. Летом 1607 года объявился Лжедмитрий II, когда Крестьянская война под руководством Ивана Исаевича Болотникова уже затухала. Новый самозванец Дмитрий вошел в историю как «тушинский вор» или «таборский царь».
История не донесла до нас неоспоримых данных о происхождении «второлживого» самозванца, хотя после принятия им имени «царевича Дмитрия» его биография достаточно хорошо описана современниками. Поэтому до сих пор исследователи ведут безуспешный спор о действительно неоспоримой родословной «тушинского вора».
Никто в точности не знал, кем же был новый самозванец. Сохранившиеся документы не проливают полный свет на «темные» места его биографии. Власти царя Василия Шуйского презрительно именовали появившегося на южных рубежах Российского государства опасного противника «стародубским вором». Затем, когда тот перебрался с войском под стены царственной Москвы, в правительственных грамотах и на словах — «тушинским вором».
К началу 1609 года «тушинский вор» через свои разосланные во все концы отряды контролировал огромную территорию. Старичане не захотели подчиняться Лжедмитрию II. Вскоре польский пан Зборовский и изменник князь Шаховский со своими войсками направились для расправы с непокорными. После взятия города-крепости Зубцова грабительское войско в полночь подошло к Старице. Воспользовавшись темнотой и перерезав часовых, нападавшие отворили ворота. «Малочисленные защитники и жители города, застигнутые врасплох, растерялись; после недолговременного сопротивления разбежались по церквям, где и были истреблены, а город сожжен и разграблен»- пишет об этих событиях монастырский патерик.90 После этого страшного набега город Старица долгое время находилась в руках поляков и только по Столбовскому миру 1617 года возвращена России.
О разрушении Свято-Успенского монастыря в Старице поляками в 1608 году и судьбе монахов сведений не сохранилось. Монастырский архив оказался в Москве. Вполне возможно, в ту кровавую ночь архимандрит Дионисий вместе с уцелевшими монахами сумел унести часть архива из обители.