Однако в 1904 г. Савва Морозов разрывает всякие отношения с театром, забирает свой пай и уходит в отставку с поста директора МХТ. Причиной конфликта стали расхождения с одним из основателей – Владимиром Немировичем-Данченко.
Театроведы объясняют ссору так: Морозов влюблен в актрису театра Марию Андрееву и дружит с постоянным автором МХТ Максимом Горьким. Он активно лоббирует их интересы, используя свое денежное и организационное участие в театральных делах. Немирович против, Станиславский на его стороне. Тогда Морозов, Горький и Андреева решают покинуть МХТ и основать свой новый театр в Петербурге. Разрыв с театром, на создание которого ушло столько сил – еще один стресс для властолюбивого миллионера. Проигрывать он не привык.
А тут еще трагические перемены в личной жизни. Будущую жену он отбил у своего двоюродного дяди. Зинаида Григорьевна Морозова быстро становится гран-дамой. В роскошном особняке на Спиридоновке Морозовы принимали Станиславского и Немировича-Данченко, Качалова и Собинова, Чехова и Книппер, Левитана и Бенуа, известных адвокатов Маклакова и Кони. О Шаляпине Морозова вспоминала: «Он приезжал и пел как райская птица у меня в будуаре. Обедал у нас запросто, и я помню, раз он приехал, а я лежала у себя с больной ногой (подвернула ее), и обедать идти в столовую мне было трудно. Он сказал, что меня донесет. Я думала, что он шутит. Вдруг он схватил меня и понес».
Но купеческий (как мы бы сейчас сказали – «новорусский») шик вызывал у знаменитых гостей иронические усмешки. Максим Горький: «В спальне хозяйки – устрашающее количество севрского фарфора, фарфором украшена широкая кровать, из фарфора рамы зеркал, фарфоровые вазы и фигурки на туалетном столе и по стенам на кронштейнах. Это немножко напоминало магазин посуды. Владелица обширного собрания легко бьющихся предметов m-me Морозова с напряжением, которое ей не всегда удавалось скрыть, играла роль элегантной дамы и покровительницы искусств».
Постепенно чувства между некогда страстно любившими друг друга супругами ослабевают. Жили под одной крышей, детей вместе воспитывали, но лично близки уже не были. Страсти хватило лишь на десять лет.
Последние годы Савва был страстно влюблен в одну из самых красивых женщин своего времени, актрису МХТ Марию Федоровну Андрееву. Они состояли в связи, которая разрушилась, когда Андреева ушла к другу Морозова Максиму Горькому. Когда Горький во время игры в бильярд поведал Савве Тимофеевичу о том, что Мария Федоровна ушла к нему, и они теперь гражданские муж и жена, шок у Морозова, по воспоминаниям, был настолько сильным, что он на мгновение потерял способность слышать.