Не удивительно, что к первым алхимикам отношение было ничуть не лучше, чем к язычникам. Гонения обрушились на них еще в то время, когда центром развития алхимического искусства была Александрия. Медицину и алхимию изучали в домах, примыкающих к Серапею — храму Сераписа. Распорядившись разрушить этот храм, Феофил, архиепископ Александрийский, столкнулся с сопротивлением; но прямое повеление императора Феодосия заставило ученых отступить. Серапей, как и другие храмы империи, погиб в огне. Но библиотека, уже однажды чуть не уничтоженная при Цезаре, была спасена, и занятия продолжались в Мусейоне, пока в 415 году не была убита Гипатия, женщина-философ.
Гибелью ее ознаменовался конец языческой учености в Египте. Спасаясь от преследований, александрийские философы нашли пристанище в Афинах, где в то время выступал с проповедью своего учения неоплатоник Прокл. Вместе с беженцами в Грецию проникла и алхимия. Но в 529 году император Юстиниан повел широкомасштабную войну против естественных наук и философии. Языческая культура погибла, но алхимии удалось выжить, несмотря на то, что указ Феодосия предписывал публично сжечь алхимические книги в присутствии епископа.
Знамя «проклятых» подхватили новые авторы. Включив в свою доктрину кое-какие элементы ортодоксального христианства, они привели ее в приемлемый для императоров вид. Стефан Александрийский посвятил свои «Девять уроков химии» восточноримскому императору Ираклию (575 — 641). Сочинение Стефана, хорошо знакомого с философией Пифагора и Платона, но, тем не менее, бывшего христианским мистиком, являет собой переходное звено от древней алхимии к средневековой. А вскоре наступили времена, когда византийские монахи принялись усердно копировать все древние сочинения, какие им только удавалось разыскать. Среди этих прилежных компиляторов, несколько веков трудившихся над воссозданием древней мудрости, уничтоженной фанатиками, был монах Никифор (758 — 829), интересовавшийся, главным образом, древнегреческими авторами. В XI веке Михаил Пселл возродил платоническую философию. С возвращением древней литературы появилось и множество комментаторов алхимических трактатов, среди которых особо следует упомянуть «Христианского философа». Такой псевдоним взял себе исключительно образованный для той эпохи монах, сочетавший в своем сочинении христианскую культуру с языческими воззрениями и алхимию — с теологией.
В то же время на литературную сцену вышли алхимические поэты, черпавшие вдохновение из трудов Стефана и превозносившие в восторженных поэмах чудеса этого герметического искусства. Снова принялись цитировать Зосима и Олимпиодора, а также Синезия — изобретательного и мудрого епископа Птолемаиды. Снова на страницах трактатов стали появляться имена мифических алхимиков (Трисмегиста, Петезия и Агафодемона) и псевдогерметистов (Зороастра, Демокрита). Клеопатра, Исида и Мария, которым из страха перед преследованиями когда-то пришлось скрыть свои истинные имена под этими псевдонимами, превратились в объекты восхищенного поклонения. Алхимические трактаты стали приписывать Ямвлиху. Византийские списки герметических текстов попали в Италию, откуда их в конце концов привез во Францию король Франциск I.