Он посмеивался над тем, как археологи неграмотно пользуются биологической терминологией, над словами Е. Ю. Кричевского: «Животные разных пород: коровы, свиньи, лошади», над пристрастием археологов к выражению «ареал распространения» (что равносильно «масляному маслу»). В целом принятый тогда у археологов подход к науке казался ему — человеку, воспитанному в биологическом мире, приверженцу твердо доказанных фактов, системного мышления — легковесным, дурной беллетристикой, а не подлинной наукой.
А. Л. Монгайт и я внушали Вениамину Иосифовичу, что мы ждем от его трудов не только заключений зоолога, но и критики построений археологов о характере хозяйства древних людей. Он долго от этого уклонялся — конфликтов хватало и в биологической сфере.
Первый же опыт, в который я его втянул, оставил неприятный осадок. Еще до войны Д. А. Крайнов раскопал пещерный навес Таш-аир под Бахчисараем — памятник, вполне обычный для мезолита и неолита Крыма, содержащий пачку малонасыщенных культурных слоев. Крайнов увидел тут нечто иное. Слои охватывают, якобы, огромный период — от мадлена до неолита, а находки в них доказывают зарождение скотоводства в конце палеолита и полное развитие его в мезолите. Основывался этот сенсационный вывод на определении костей из навеса, проведенном другом Крайнова Н. А. Сугробовым, по образованию археологом, а отнюдь не зоологом.
На заседании сектора неолита и бронзового века я возражал против публикации работы Крайнова без проверки определений костей Цалкиным. Заведующий сектором С. В. Киселев со мной согласился. Но Крайнова поддержал тогда A. Я. Брюсов, позволивший себе сказать публично, что Сугробов погиб на фронте, а Цалкин, отсиживавшийся в Ашхабаде, оплевывает светлую память героя. Вениамин Иосифович смотреть кости из Таш-аира отказался.
В итоге остеологический материал все же пришлось переопределить B. И. Громовой и ее ученице Е. Л. Дмитриевой. Как и следовало ожидать, определения Сугробова оказались ошибочными. Кости домашних животных были только в слоях с керамикой. Ю. Г. Колосов убедительно показал, что основные слои Таш-аира — позднемезолитические, палеолита там нет. Но Крайнов повторил свои прежние выводы в опубликованной книге, и кое-кто (например, В. М. Массон) ссылается на эти недобросовестные выводы как на святую истину.
Этот эпизод ухудшил положение Цалкина в институте. С. В. Киселев ввел его после защиты докторской диссертации в состав Ученого совета. Новый руководитель института Б. А. Рыбаков вывел его оттуда. При огромном объеме работы с остеологическими коллекциями зоологу нужен был лаборант. Долго этот вопрос не могли решить. Потом появился Борис Сушко, но вскоре его уволили за чтение недозволенной литературы. Только за два года до смерти Цалкина в штат института была взята В. П. Данильченко.