Первоначально Вениамин Иосифович надеялся на то, что коллекции из раскопок позволят обогатить наши знания о былом распространении диких животных. Кое что, действительно, обнаружилось. Раскопки Неаполя Скифского дали кости бобра, дикого кабана, кулана, сайгака — ныне в Крыму полностью исчезнувших. В Гродно костей диких животных было больше, чем домашних — 57 %. Это свидетельство об охоте хозяев феодального замка. Выявились материалы, важные также и для истории зубра. Но в основном на определение поступали кости из поздних памятников, особенно из древнерусских городов (Новгород, Псков, Старая Рязань, Старая Ладога, Москва). Неолитом занимались считанные единицы археологов, да и кости в неолитических слоях обычно плохо сохраняются. Материалы же из поселений эпохи бронзы, городищ раннего железного века и из средневековых памятников состояли почти целиком из остатков крупного и мелкого рогатого скота, лошади и свиньи. Районы, откуда Цалкин получал материал для обработки, это прежде всего Центральная Россия, Украина, Молдавия, Поволжье, Северный Кавказ. Коллекции из Прибалтики, Сибири, Средней Азии доходили до Москвы реже, хотя Цалкин обработал костный материал из раскопок в Хорезме, писал о лошадях из Курганов Алтая.
При такой ситуации нужно было решить, что же делать дальше — ограничиться только формальным определением видов, составлением их кратких списков для археологов (что многих вполне устраивало), или в сущности освоить новую специальность, занявшись изучением пород древнего скота. Вениамин Иосифович пошел по второму пути и сделал много ценного для изучения истории скотоводства в нашей стране.
Динамику развития скотоводства и изменения морфологических особенностей скота Цалкин рассматривал в связи с эволюцией природной среды на той или иной территории. Сложнее обстояло дело со стыковкой выводов биолога и построениями археологов. Большинство археологов реконструировало хозяйство древних людей по собственному разумению, лишь заглядывая в заключения предоставленные зоологами, а то и без этого.
Тяжелая обстановка, сложившаяся в советской биологии после пресловутой сессии ВАСХНИЛ 1948 г., вынудила Вениамина Иосифовича покинуть Зоологический музей и Биофак МГУ. В 1950–1970 гг. ИИМК — ИА АН СССР стал единственным местом его работы. Он знал всех наших археологов 1940-1960-х гг., с кем-то подружился (особенно с А. Л. Монгайтом), кого-то уважал (Б. Л. Гракова, В. Д. Блаватского, Н. Н. Воронина), кого-то отвергал. Помню его слова об одном известном археологе, которого часто называли землепроходцем: «Он скорее землепроходимец». О другом видном археологе говорил: «Имярек всегда работает на аудиторию. С разбойниками — он разбойник, а с честными людьми — пречестный человек». Юмор, переходивший в сарказм, был очень свойствен Вениамину Иосифовичу. Но даже с людьми, ему чуждыми и антипатичными, он неизменно держался вежливо, корректно.