Читал Герцен роман внимательно. Сначала в письмах Огареву иронизировал над его стилем, новой эстетикой, удивлялся языку («как гнусно написано, сколько кривлянья»), И вместе с тем, позолотив пилюлю, признавал, что «в нем бездна хорошего», что «мысли есть прекрасные, даже положения — и всё полито из семинарски-петербургски-мещанского урыльника…».
Как всегда, тщательно определяя круг чтения своих детей в стремлении приобщить их к важным идеологическим событиям русской жизни, советовал книгу и Тате, и Саше: «…поучиться есть чему в манере ставить житейские вопросы».
Когда же дочитал и даже перечитал роман, торопил Огарева, наконец, открыть книгу: «Это очень замечательная вещь — в нем бездна отгадок и хорошей и дурной стороны ультранигилистов. Их жаргон, их аляповатость, грубость, презрение форм, натянутость, комедия простоты, и — с другой стороны — много хорошего, здорового, воспитательного. Он оканчивает фаланстером, борделью — смело».
Герцена не могли удовлетворить ни эстетика, ни кредо молодого поколения: роман «урод и мил. А вред он должен принести немалый». И вместе с тем он понимал, что именно Чернышевский, страдающий на каторге, теперь стоит у руля, указывая дорогу молодым. Поколения сменились. Настало время от поиска «виновных», «лишних», от расплаты устаревших, отставших от времени, как посчитали новые люди, перейти ко второй сакраментальной российской задаче, стоящей на повестке дня: «Что делать?» Уж это-то они твердо знали.
В ноябре 1868-го Герцену стало ясно, что вскоре «„Kolokol“ издаст погребальный звон по самому себе». Так и случилось. Герцен объяснил его закрытие: без постоянных корреспонденций газета, теряющая «связь с текущей жизнью, превращается в молитвенник для эмигрантов» и существовать дальше не может.
В условиях террора в России, наступившего после 1866 года, после двух покушений на императора, происходила, как известно, перегруппировка общественных сил. Наблюдалось четкое размежевание между набирающим силы революционно-демократическим и либеральным крылом. Оппозиционность либерализма глохла, все больше скатываясь к охранительству.
В рядах незначительной части оставшихся союзников Герцена не было не только единства, но на глазах предавалось дело, которому он служил последние десять лет.
Из газет Герцен узнал, что на русско-румынской границе, в Скулянах, добровольно «предал себя в руки русского правительства» его бывший доверенный сотрудник Кельсиев.
Под арестом в Третьем отделении он пишет свое покаяние. Впоследствии оно выльется в его «Исповедь»