Перед Заднепровской дивизией и ее 3-й бригадой командование поставило задачу: очистить от петлюровцев и деникинцев железную дорогу до Бердянска и закрепиться там. Эту задачу дивизия выполнила, причем бригада, состоявшая из махновцев, проявила себя героически. «Добровольцы, лучшие гвардейские силы разбиты. Задача выполнена Махно блестяще» — так оценил действия бригады повстанцев командующий фронтом. Теперь территория, занятая войсками Махно включала в себя 72 волости Екатеринославской губернии с населением более двух миллионов человек.
Таким образом, в начале 1919 г. произошло важное событие — отряды Махно влились в Красную Армию. Закончился период их самостоятельной борьбы против австро-немецких оккупантов и вооруженных сил украинского буржуазного правительства. Казалось бы, войско Махно выполнило свою задачу и, войдя в состав Красной Армии, должно было раствориться в ней. Однако этого не произошло и не могло произойти. Ни сам Махно, ни его «хлопцы» не хотели мириться с той дисциплиной, которую требовали большевики. На словах признавая подчинение, батька зачастую не выполнял требований командования, постоянно подчеркивал свою независимость и самостоятельность.
«Под революционной дисциплиной я понимаю самодисциплину личностей, устанавливающую в действующем коллективе одинаковую, строго продуманную и ответственную линию поведения для членов коллектива, — приводящую к точной согласованности как действия, так и мысли их», — писал Махно.
И хотя отряды повстанцев весной 1919 г. продолжали считаться частями Красной Армии (в апреле они были включены в Заднепровскую, а позднее в 7-ю Украинскую дивизию в качестве бригады, участвовали в боях с деникинцами в составе 2-й Украинской и 13-й армий), в них по-прежнему процветали идеи безвластия. Этому способствовали, в частности, связи Махно с созданной еще в ноябре 1918 г. на территории Украины анархистской конфедерацией «Набат».
В феврале 1919 г. созванный Махно в Гуляй-Поле Второй районный съезд Советов, на котором присутствовало 245 делегатов от 350 волостей и партизанских отрядов, принял резолюцию, выражавшую анархистское отрицательное отношение ко всякой государственной власти, в том числе и к Советской. В резолюции большевики укорялись в том, что они являются «соглашателями», «ведут переговоры с империалистами», отрицался основной организационный принцип советской системы — демократический централизм. «К глубокому своему сожалению, — говорилось в резолюции, — съезд вынужден также установить, что рабочей и крестьянской русско-украинской революции, кроме внешних врагов, угрожает, может быть, еще большая опасность от собственных внутренних непорядков. Советское правительство России и Украины своими приказами и декретами стремится во что бы то ни стало отнять у местных Советов рабочих и крестьянских депутатов их свободу и самостоятельность. Нами не избранные, но правительством назначенные политические и разные другие комиссары наблюдают за каждым шагом местных Советов…»