После этого над «самоуправным» устроителем школы смотритель учинил неусыпный надзор, как того требовал угрожающий циркуляр начальства. Но и этого ему показалось мало и в 1862 году «за вредное направление» благого дела оно распорядилось закрыть школу для рабочих. Их молодой просветитель покинул родное село, направился в Москву.
Там он вознамерился поступить в университет. Но власть придержащие в селе Иванове не пожелали допустить «крамольного» учителя в среду студентов, которых числили завзятыми вольнодумцами. «Сельское общество» отказало Нефедову в выдаче «увольнительного акта». А только при наличии этого документа человек, принадлежавший к крестьянскому сословию, мог претендовать на право поступления в высшее учебное заведение. Будущий писатель был вынужден ограничиться званием вольнослушателя историко-филологического факультета.
К тому времени относится и активное сотрудничество Нефедова в газетах и журналах «Развлечение», «Будильник», «Санкт-Петербургские ведомости» и других. В них Ф. Д. Нефедов выступал как фельетонист, автор очерков и рассказов.
Материалом для них служили наблюдения, накопленные во время многочисленных поездок по делам отца — «капиталистого крестьянина», как тогда называли сельских предпринимателей. Нефедов-старший очень хотел, чтобы сын занялся торговыми делами. Для этого и посылал его на устраиваемые в разных местах ярмарки, в близкие и отдаленные города и села. Впечатления от поездок, встреч с разными людьми подтолкнули невольного негоцианта к записям об увиденном и услышанном, вызвали стремление поведать об этом другим.
Приехав в Москву, Ф. Д. Нефедов сблизился с писателями-народниками Успенским, Слепцовым, Левитовым. Их идейно-художественные взгляды развивал и в собственном творчестве. В очерках и рассказах «Наши фабрики и заводы», «Девичник», «Святки в селе Данилове» Нефедов нарисовал безрадостную картину произвола и жестокости властей и толстосумов, тяжкой доли ивановских рабочих, задыхавшихся от непосильного труда.
В хронике публицистической деятельности Нефедова следует отметить такие подробности. В 1865–1866 годах он редактировал прогрессивный журнал «Книжник». С 1879 года, до ареста по делу революционера- народника А. И. Желябова, занимался редактированием одной из лучших в то время московских газет «Русский курьер». Через непродолжительное время литератор ввиду отсутствия улик был освобожден из-под стражи, но мысль о возвращении к редакторской деятельности пришлось оставить.
Известен Нефедов и как крупный фольклорист-этнограф, автор повестей и рассказов о жизни русской интеллигенции, крестьянства. В этих произведениях он как народник не мог в чем-то не идеализировать патриархальный уклад крестьянской жизни. Это, однако, не помешало А. М. Горькому отметить его в ряду наиболее талантливых писателей-народников.