В 2002 году Иванов вовсю практиковал «силовое комплектование» армии призывниками (массовые проверки и задержания лиц призывного возраста на улицах), опробованную осенью 2001-го в Москве, на другие крупные города.
Иванов чаще своих предшественников говорил о коррупции в армии. Но он не воспользовался технологией, опробованной Борисом Грызловым в МВД, и не стал искать «оборотней в погонах». Несмотря на жесткие заявления, Иванов оказался очень мягким руководителем. Увольнял только в экстренных случаях, когда крайним мог оказаться он сам. После падения в Чечне Ми-26, повлекшего гибель 121 человека, Иванов снял с должности командующего авиацией сухопутных войск Виталия Павлова, а за чуть не затонувший на Дальнем Востоке батискаф (моряков спасли британцы) – главкома ВМФ Владимира Куроедова. Однажды он сделал антирекламу подводным лодкам «Щука-Б», назвав их «самыми тихоходными в мире». Имелась в виду малошумность.
Но главное новшество в жизни Вооруженных сил – сокращение срока призыва до одного года, было проведено весьма дорогой ценой – путем отмены большинства отсрочек и возрождения практики отлова призывников с помощью милиции. В Минобороны Иванову пришлось вести борьбу с начальником Генштаба Анатолием Квашниным, который в итоге был трудоустроен полпредом президента в Сибирь.
В ноябре 2005 года Иванова повысили до вице-премьера, хотя в мае 2005-го автомобиль, которым управлял его 28-летний старший сын Александр, насмерть сбил на пешеходном переходе 68-летнюю женщину. По информации ГИБДД Москвы, трагедия случилась в 22.15 на улице Лобачевского, возле дома № 92. Двигавшаяся от Мичуринского проспекта на большой скорости иномарка сбила переходившую дорогу по пешеходному переходу Светлану Беридзе. От полученных травм пенсионерка скончалась на месте. Удар оказался настолько сильным, что женщину отбросило от «зебры» метров на десять. Молодой человек, сидевший за рулем иномарки, отделался ссадинами и испугом. Как рассказывают сотрудники ГИБДД, возмущенные родственники погибшей тут же вытащили его из машины и попытались устроить самосуд, но за водителя вступился оказавшийся рядом экипаж ДПС – милиционеры затолкали мужчину в свою машину и повезли на освидетельствование в наркологический диспансер.
После того как стало известно, что участником ДТП стал старший сын министра обороны России Сергея Иванова, на место происшествия выехали крупные чиновники из управления ГИБДД и ГУВД Москвы. С этого момента об обстоятельствах аварии данные стали поступать противоречивые. РИА «Новости», например, сообщали, что пожилая женщина переходила дорогу на красный сигнал светофора. Впоследствии дело закрыли за отсутствием нарушений, а также состава преступления в действиях водителя. Сейчас Александр Иванов работает директором департамента структурного и долгового финансирования «Внешэкономбанка», в состав наблюдательного совета входит и его отец.