Правительству также подчинено Министерство природных ресурсов и экологии с входящими в его состав федеральными службами по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды и по надзору в сфере природопользования, а также федеральными агентствами водных ресурсов, лесного хозяйства и по недропользованию.
Правительство будет руководить и Минпромторгом, в том числе Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии, новым Министерством по развитию Дальнего Востока, Министерством регионального развития, включая Федеральное агентство по строительству и ЖКХ, Минкомсвязи с входящими в его состав Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций, Федеральным агентством по печати и массовым коммуникациям и Федеральным агентством связи.
В ведении правительства также находятся Минсельхоз, в том числе Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору и Федеральное агентство по рыболовству, Министерство спорта, Министерство транспорта с подведомственными ему Федеральной службой по надзору в сфере транспорта и федеральными агентствами воздушного транспорта, дорожным агентством, железнодорожного транспорта, морского и речного транспорта.
Правительству подчиняется Министерство труда и социальной защиты, включая Федеральную службу по труду и занятости, Министерство финансов Российской Федерации с входящими в его состав Федеральной налоговой службой, Федеральной службой финансово-бюджетного надзора и Федеральным казначейством, Минэнерго и Минэкономразвития, в том числе федеральные службы по аккредитации, государственной регистрации, кадастра и картографии, по интеллектуальной собственности, а также федеральные агентства по госрезервам и по управлению госимуществом.
В ведении правительства также находятся 12 отдельных федеральных служб и агентств. В их числе антимонопольная служба, служба государственной статистики, миграционная служба, служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, по оборонному заказу, по регулированию алкогольного рынка, таможенная служба, служба по тарифам, по финансовым рынкам, по экологическому, технологическому и атомному надзору, Федеральное космическое агентство и Федеральное агентство по обустройству государственной границы РФ.
Функции по руководству деятельностью Федеральной миграционной службы будут переданы от МВД непосредственно к правительству.
Министерство спорта, туризма и молодежной политики преобразовано в Министерство спорта. При этом функции «по выработке и реализации государственной молодежной политики, а также по созданию условий для обеспечения здорового образа жизни, нравственного и патриотического воспитания молодежи» передаются Министерству образования и науки Российской Федерации. Туризм переходит в ведомство Министерства культуры. Федеральное агентство по делам молодежи отныне находится в ведении Министерства образования и науки.