«Это мнение Иперника, или как там его зовут, - пренебрежительно отзывался о новой теории пожилой доминиканский священник из Флоренции в ноябре 1612 г., - представляется мне противоречащим Священному Писанию». Однако ни Коперник, ни Галилей - оба искренние католики - не имели намерений обращать критицизм против Библии или начинать нападки на Церковь. Более того, Коперник посвятил свой труд «Об обращениях небесных тел» папе Павлу III (тому самому понтифику, что отлучил английского короля Генриха VIII от церкви и учредил Римскую инквизицию). Работая над «Письмами о солнечных пятнах», Галилей обращался за консультациями к кардиналу Карло Конти, поскольку хотел выслушать его авторитетное суждение об изменении представлений о структуре небес. Кардинал Конти заверил его, что в Библии нет подтверждений аристотелевской доктрины неизменности; более того, он высказал мнение: что, похоже, Писание даже противоречит этому утверждению.
Ранее ни в одном из возмущенных и агрессивных выпадов против Галилея со стороны академических кругов не было и следа обвинений в ереси - преступлении, которое сам он считал «более отталкивающим, чем сама смерть», - однако теперь возникла эта новая и неожиданная для Галилея угроза. Поэтому, учитывая, как складывались обстоятельства, он, должно быть, испытал немалое облегчение, когда в октябре 1613 г. кардинал Оттавио Бандини наконец дал разрешение принять дочерей Галилей в монастырь, невзирая на их возраст. Тринадцатилетняя Виржиния и двенадцатилетняя Ливия были немедленно помещены в расположенный поблизости от Флоренции, в Арчетри, монастырь Сан-Маттео, настоятельницей которого была достопочтенная Людовика Винта, родная сестра сенатора Флоренции и личного секретаря великого герцога Фердинандо. Не успели девочки оказаться под защитой стен обители, как разразился скандал: учение Коперника объявили ересью.
В ноябре лучший и самый любимый ученик Галилей бенедиктинский монах Бенедетто Кастелли, который последовал за ним из Падуи, покинул Флоренцию, чтобы занять прежний пост Галилея - он стал профессором математики в Университете Пизы. Кастелли не только придумал способ безопасного наблюдения за Солнцем с помощью бумажного листа, принесший такой грандиозный успех Галилею, но еще и выполнил многочисленные рисунки и диаграммы солнечных пятен, опубликованные в его книге. Учитель полагался на Кастелли и при подготовке ответа на четыре опубликованные критические статьи, направленные против «Разговора о телах». Едва приехав в Пизу, Кастелли получил предупреждение от университетского начальства: он ни при каких обстоятельствах не должен был включать в свои лекции или обсуждать со студентами вопрос о движении Земли. Монах, естественно, согласился на это условие, поскольку и его учитель, Галилей, придерживался той же тактики, будучи профессором, в Пизе и Падуе. Однако уже через несколько недель Кастелли оказался в затруднительном положении: в частной, но весьма важной беседе ему были заданы соответствующие вопросы - в Пизу с обычным зимним визитом в сопровождении свиты прибыло семейство Медичи. Расположившись, как обычно в это время года, в своем пизанском дворце, Его Высочество Козимо II, эрцгерцогиня Мария Маддалена и великая герцогиня-мать мадам Кристина трижды в день собирались за столом, чтобы вести увлекательные разговоры, в ходе которых властители желали получать новую информацию по самому широкому кругу тем.