Повесть строится как широкая, свободная дискуссия. Каждой стороне дано высказаться; авторский образ мыслей проясняется последовательно, через споры или предвосхищение.
Ученик и Учитель, оба представляют в натурфилософской дискуссии воззрение и метод крайних партий. Об Учителе сообщено, что он был наблюдателем, коллекционером фактов: следил за звездами и на песке чертами передавал их движение, собирал камни, цветы и располагал их сериями, изучал связи, встречи и взаимное подобие вещей. Эти методы — активные, внешние — ученик отклоняет. Он замыслил проникнуть в природу, в законы ее, более внутренним способом, следовательно, он рассчитывает на бо́льшую глубину и правдивость познания, избранного им.
В прозаических терминах содержание спора сводится к антагонизму между эмпирической наукой и художественной интуицией. Учитель знаменует трезвого исследователя, буржуазного естествоведа механистического толка, ученик — мечтателя, иерофанта новейшей романтики, реставрирующего древние способы освоения природы, мистические и мифологические. Спор идет о знании частном, специализованном и знании целостном, владеющем всей совокупной жизнью своего предмета.
«Жизнь», «душа» природы для эмпириков, кропотливых наблюдателей, остаются незамеченными и непонятыми.
Во второй главе описан бунт вещей. Вещи заперты в естествоведческом музее и просятся, чтобы их выпустили в единую природу, где каждая из них знает свое истинное место. Наука насильственно разделила их, между тем как все они относятся к общему семейству и нуждаются друг в друге.
«Внутренняя музыка» вещей неизвестна человеческой науке; она способна извлекать из природы только «диссонансы».
Убеждения Учителя поддерживают и другие участники философского словопрения, происходящего в повести. Согласие здесь то частичное, то полное и совершенное. Спор познавательных методологий превращается в дискуссию о методах культуры, о природе и промышленности, о направлениях человеческой истории и сегодняшнем ее состоянии.
Некоторые критики упрекали Новалиса за то, что в его повести философскому диалогу отдано столько места и времени; это не задача для вещи художественной и изобразительной. Между тем, Новалис понимал цели искусства по-своему. Действительно, в его повести персонажи — существа говорящие, ни с каких других сторон человеческой практики не описанные и не отмеченные. Для Новалиса это принцип поэтики, идеалистически последовательной. Описать человека — значит сообщить, каков его особый способ отношения к миру, каков уклон его ощущений и мышления. Философский профиль персонажа должен быть вычерчен, будь это ремесленник, рудокоп, миннезингер или мыслитель. Предполагается, что в каждом живет своя философия, великая или малая, и она-то и есть самое существенное в человеческой особи. Роман Новалиса «Генрих фон Офтердинген» вовсе не ставит себе специальных целей философского рассуждения; это роман по-своему археологический, реставрирующий камень за камнем всю социальную стройку позднего немецкого средневековья, единственной «подлинной» эпохи, по Новалису. Однако и в нем философская характеристика нефилософских персонажей исчерпывает всю работу автора, изобразителя человеческих лиц. Поименная опись населения этого романа должна была бы превратиться в перечень «гносеологических душ» и точек зрения.