Родители поощряли его тягу к науке. С детства в нем звучали слова жреца, иерофанта Адонаи: «Если греки обладают знанием Богов, то знание Единого Бога сохраняется лишь в одном Египте». Чтобы удовлетворить свою жажду познаний Пифагор по совету своего учителя решил отправиться в Египет. Но добраться до него в те времена было непросто, и сначала ему пришлось несколько лет жить на острове Лесбос у своего родственника Зоила. Там Пифагор познакомился с философом Ферекидом – другом Фалеева Милетского. У Ферекида Пифагор учился астрологии, предсказанию затмений, тайнам чисел, медицине и другим обязательным для того времени наукам. С острова Лесбос направился в Милеет – к знаменитому Фалесу, основателю первой в истории философской школы. Много важных знаний он приобрел в Милеетской школе.
Перед Египтом он еще на некоторое время остановился в Финикии, где, по преданию, учится у знаменитых сидонских жрецов.
В Египте благодаря покровительству Амазиса Пифагор знакомится с мемфисскими жрецами. Ему удается проникнуть в святая святых – египетские храмы, куда чужестранцы не допускались. Чтобы приобщиться к тайнам египетских храмов, Пифагор, следуя традиции, принял посвящение в сан жреца.
У египетских жрецов Пифагор 22 года глубоко изучил священную математику, науку чисел или всемирных принципов, которую сделал центром своей системы, дав ей совершенно новую формулировку. Он был посвящен в Мистерии Исиды и Озириса. В начавшейся войне с персами, Пифагора взяли в вавилонский плен, в котором он провел 12 лет.
Согласно старинным легендам, в Вавилоне Пифагор встречался с персидскими магами, приобщился к восточной астрологии и мистике, познакомился со знаниями халдейских мудрецов, накопленными восточными народами в течение многих веков: астрономией и астрологией, медициной и арифметикой.
С тех пор как Пифагор покинул Грецию, там произошли большие изменения. Лучшие умы, спасаясь от персидского ига, перебрались в Южную Италию, которую тогда называли Великой Грецией, и основали там города – колонии Сиракузы, Агригент, Кротон. Вернувшись в Грецию около 530 г. до н. э., именно в Кротоне создал Пифагор собственную философскую школу. Великий посвященный собрал вокруг себя группу преданных учеников.
В этом обществе, или пифагорейской школе, изучались науки, особенно арифметика, геометрия и астрономия, и были сделаны важнейшие открытия. Пифагор объединил лучшее из разных религий и верований, создал свою собственную систему, определяющим тезисом которой стало убеждение в нерасторжимой взаимосвязи всего сущего (природы, человека, космоса) и в равенстве всех людей перед лицом вечности и природы.