Путешественники рассказали Бэкеру о всех своих удачах и неудачах. Открытия Спика и Гранта взволновали Бэкера. Он загорелся желанием во что бы то ни стало продолжить исследование истоков Нила. Спик с радостью предоставил ему только что составленную карту верховьев Нила и отдал половину своих лодок.
Затем друзья расстались. Спик и Грант поплыли дальше на север, в Египет, чтобы вернуться на родину, в Англию, а Бэкер двинулся к верховьям Нила. Он мечтал довести до конца исследования Спика и Гранта и отыскать озеро, о котором слышал Спик.
Путешествие Бэкера оказалось нелегким. До сих пор он не бывал в Африке и поэтому многое было для него неожиданным. Бэкер думал, что это будет обычный туристический поход, и даже взял с собой свою жену. Однако вскоре ему пришлось убедиться, что дело обстоит иначе.
Продвигаться по Нилу было очень трудно. Работорговцы-арабы рассматривали каждого путешественника как возможного конкурента в их отвратительном промысле. Опасаясь за свои барыши, они всячески мешали Бэкеру продолжать путешествие. В конце концов пришлось покинуть реку и двигаться дальше по берегу на вьючных животных. Нанятые проводники заявили, что они не желают идти на юг и согласны ехать только на восток. Пришлось на время оставить мысль об исследовании истоков Нила и двинуться к востоку в поисках озера.
Начались утомительные дни путешествия по суше. Бэкер и его жена жестоко страдали от лихорадки. В довершение всего начался сезон дождей. Все вьючные животные погибли. Достать новых оказалось очень трудно. На проводников положиться было нельзя — они постоянно сбегали, оставляя Бэкера без всякой помощи.
После долгих странствий совершенно обессиленные путешественники наконец добрались до озера.
«18 марта 1864 года около полудня нашим глазам представился наконец предмет наших вожделений, озеро, — так записал Бэкер в путевом дневнике. — На юго-запад и запад, покуда хватал глаз, бесконечная пелена его вод расстилалась перед нами, как зеркало; на северо-западе его окаймляла высокая горная цепь… Я назвал озеро, открытое нами и являющееся вторым источником Нила, Альберта-Ньянца».
Бэкеру не удалось объехать все озеро, которое ныне называется озеро Альберт. Он познакомился только с его восточным берегом. Здесь путешественник с восхищением наблюдал гигантский водопад, названный им водопадом Мерчисона.
С высоты около 40 метров низвергались могучие потоки воды, разнося далеко по окрестностям оглушительный шум.
И еще одно важное открытие сделал Бэкер. Он нашел место, где в озеро Альберт впадала какая-то река. Путешественник установил, что это тот самый вытекающий из озера Виктория отрезок Нила, который не смогли в свое время исследовать Спик и Грант.