В начале XVII века он отправился в Запорожье, возможно, из-за каких-то семейных неурядиц. Казаки избрали его обозным, поручив ведать всей артиллерией Сечи. Вскоре он стал во главе Сечи, кошевым атаманом, и провел войсковую реформу: повысил дисциплину, организованность и боеспособность казацкого войска. Во время морских походов за пьянство полагалась смертная казнь. (Такие же правила были у пиратов Западной Европы.)
Казацкое огромное воинство не могло жить на «вольных харчах», а потому периодически совершало набеги на западные владения Турции, на Крымское ханство. Точнее сказать, чередовались набеги турок и татар на христианские города и поселки с походами запорожцев против этих врагов.
Летом 1606 года казаки напали на города западного Черноморского побережья, разграбили Килию и Белгород, внезапным штурмом захватили турецкую крепость Варну и стоявшие в гавани 10 галер с продовольствием, товарами и экипажами.
На следующий год сотни челнов с запорожцами спустились вниз по Днепру, повернув теперь на восток в пределы Крымского ханства. Навстречу им вышла турецкая флотилия, но была разбита в морском бою. Казаки пошли на штурм Перекопа, который защищало почти полторы тысячи янычар. Это не помешало запорожцам захватить Перекоп, где было освобождено много христиан, взятых турками в рабство.
В начале 1609 года казаки во главе с Сагайдачным прошли в устье Дуная и атаковали Килию, Белгород и Измаил. Тогда же был взят и разграблен хорошо укрепленный город Кафа (Феодосия) в Крыму. В подобных операциях участвовало до 20 тысяч казаков. Набеги проводились обычно поочередно то к западу от устья Днепра, то к востоку. Не раз подвергались нападению и захвату такие города, как Синоп и Кафа с гарнизоном в несколько тысяч янычар.
После 1616 года запорожцы под командованием Сагайдачного провели ряд походов, штурмуя Очаков, Перекоп, Трапезунд и другие турецкие и татарские крепости и города.
По свидетельству современников, казаки почти безраздельно воцарились на Черном море.
Весной 1614 года шторм сокрушил казацкий флот. Часть лодок затонула, другие выбросило на побережье Турции, где запорожцы либо полегли в неравном бою, либо были захвачены в рабство. Но тем же летом 40 «чаек», как называли свои крупные челны казаки, с более чем двумя тысячами казаков внезапным штурмом взяли крепость Синоп, вырезали ее гарнизон, ограбили мусульманские дома, сожгли турецкие галионы и галеры.
В 1616 году крупная турецкая эскадра поджидала запорожцев в устье Днепра. Обычно казаки начинали свой поход в новолуние. Темной ночью, подойдя к устью реки, прятали свои суда в камышах. Турки в эти «дебри» боялись заходить, ибо казаки могли там легко захватить галеры. В ночной тьме казацкие «чайки» бесшумно проходили вдоль берега, собирались уже на морском берегу, в тылу турецкой эскадры и, налегая на весла, двигались своим маршрутом.