Цыклер, Соковнин и Пушкин были вскоре приговорены к четвертованию, их обезображенные трупы из Преображенского были привезены в Москву на Красную площадь и брошены здесь у специально приготовленного столба. В течение нескольких месяцев зловоние разлагающейся плоти отравляло воздух на Красной площади.
Перед отъездом из Москвы за границу в начале 1698 года Петр I, опасаясь не без веских оснований новой стрелецкой смуты во время своего отсутствия в стране, отдал приказ о выводе большинства стрелецких полков из Москвы и распределении их на южных пограничных рубежах России. В гарнизоне Москвы, состоявшем почти исключительно из солдат и потешных войск, осталось всего шесть стрелецких полков. Лишившись своих удобных, насиженных годами столичных дворов, стрельцы легко поддались на новые призывы бывшей правительницы Софьи «идти на Москву». Царскому воеводе Шеину с солдатами удалось остановить их на ближних подступах к столице и разогнать пушечной пальбой. Начались повальные аресты и пытки участников бунта, в которых вскоре принял активное участие прервавший свою поездку по Европе Петр I. Не выдержав страшных пыток, стрельцы проговорились о письмах к ним царевен Софьи и ее сестры Марфы. Царь лично допросил своих сестер, но они ни в чем не признались. Петр I, с детства ненавидевший стрельцов, решил воспользоваться этим последним их бунтом для того, чтобы раз и навсегда каленым железом выжечь стрелецкую измену и покончить со стрельцами как служивым сословием. В сентябре — декабре 1698 года в Москве шли казни стрельцов. Всего было уничтожено почти две тысячи мятежников; в казнях по приказу Петра I в качестве палачей принимали участие бояре. Как гласила народная молва, царь сам, не утерпев, брался за топор палача.
Так на дыбах, виселицах и плахах трагически и кроваво завершалась история стрелецких воинских формирований, выполнявших одновременно охранные и полицейские функции. После стрелецкого розыска 1698 года само слово «стрелец» стало приравниваться к слову «изменник» — обозвать кого-нибудь «стрельцом» означало заподозрить его в измене.
При Петре Великом розыскное дело получило «великое» развитие. Переустройство страны, всемерное напряжение физических и душевных сил народа и вызванное этим недовольство и сопротивление широких его слоев требовали от царя крепкой узды и сильной власти.
Интерес Петра к сыску объясняется как личными пристрастиями, так и острой борьбой за власть, которую он выдержал в молодости. Недоверчивый и подозрительный от природы, он всегда считал, что его подданных могут удержать в узде только страх и жестокое насилие. Сыскным делом у него занимались сразу несколько служб: Преображенский приказ, так называемые майорские канцелярии, Тайная коллегия и Тайная канцелярия. При Петре же до невиданных доселе размеров развилась жуткая практика