При путешествиях на яхте «Штандарт» за безопасность царя и его семьи отвечал уже не дворцовый комендант, а флаг-капитан его величества — он же адъютант царя по военно-морской части. Во время пребывания В. А. Дедюлина на посту дворцового коменданта флаг-офицером и капитаном «Штандарта» был контр-адмирал Ломен, а после него — генерал-адъютант и адмирал К. Д. Нилов. Адмирал, любитель выпивки и «соленых» шуток, записной «кальянщик», был до конца предан Николаю II и после отречения, вопреки многочисленной свите царя, покинул ставку в Могилеве лишь после его прямого приказания. Во время посадки «Штандарта» на мель К. Д. Нилов, считая себя виноватым в аварии, едва не покончил с собой, и лишь вмешательство Николая, отобравшего у него револьвер, спасло адмиралу жизнь. Простой и грубый человек меньше, нежели утонченный и циничный аристократ, подвержен интригам и измене. После К. Д. Нилова, до 1912 года, капитаном «Штандарта» был контр-адмирал И. И. Чагин, по слухам, покончивший жизнь самоубийством из-за причастности своей любовницы к деятельности эсеро-террористической группы. Самым близким человеком к царской семье — после Вырубовой и Распутина — оказался, однако, капитан 1-го ранга Н. П. Саблин, офицер «Штандарта». Впоследствии выяснилось, что Саблин был ловким и умным карьеристом, предавшим царя сразу после его отречения от престола.
Минимум дважды в год царская семья совершала путешествия по железной дороге в Севастополь, где она пересаживалась на «Штандарт» и через четыре часа высаживалась на набережной Ялты, откуда в открытых колясках и автомобилях добиралась до Ливадийского дворца. Время прохождения царского поезда держалось, естественно, в строгом секрете и до ближайшего окружения доводилось за несколько часов до отправления. Охрану внутри поезда осуществляла Дворцовая полиция, и во время следования поезда в пути полковник Б. А. Герарди становился его комендантом. Как императоры-предшественники, Николай II для своих путешествий располагал двумя одинаковыми во всех отношениях литерными поездами, один из которых, свитский, был маскировочным и шел, смотря по обстоятельствам, то с опережением основного, то сзади.
В первом вагоне царского поезда находились конвой и прислуга. При каждой остановке часовые конвоя выбегали на платформу и занимали место у вагонов с царской семьей. Во втором вагоне размещалась передвижная кухня с двумя метрдотелями. Третий вагон представлял собой отделанную под красное дерево столовую на 16 кувертов, четвертый — спальню для царя и царицы (с кабинетом, ванной и гостиной); пятый вагон предназначался детям и фрейлинам, шестой, разделенный на девять купе, — свите. Седьмой вагон был багажным, в восьмом ехали инспектор высочайших поездов, комендант поезда, прислуга свиты, доктор и аптека. Был задействован в этих поездках и второй поезд — так называемый свитский, в котором ехали многочисленные чиновники различных министерств и учреждений, командированные на время отдыха царя в Ливадию. Кроме того, были поезда, перевозившие конвой, сводный полк, Дворцовую полицию и охранную агентуру с собаками. Одним словом, демаскирующих передвижение царя по стране признаков было столько, что опытному глазу их трудно было не заметить.