С удалением Гагельстрёма деятельность Тайной полицейской экспедиции, однако, не прекратилась, и в течение какого-то времени она была фактически единственным органом политического розыска и сыска в России, который, в соответствии с утвержденным еще Павлом I документом о его создании, «…обнимает все предметы, относящиеся к здравию Государя, его Императорской Фамилии, к безопасности его Самодержавия… и к безопасности управления и управляемых». Из этих слов мы заключаем, что в сферу деятельности Тайной полицейской экспедиции входили также и вопросы физической охраны государя.
Это тайное ведомство при Александре I было передано в ведение санкт-петербургского обер-полицмейстера Ф. Ф. Эртеля, а с созданием в 1802 году Министерства внутренних дел подчинено его первому министру князю В. П. Кочубею. Тем не менее Министерство внутренних дел до 1880 года занималось делами политического розыска или, как тогда говорили, «высшей, или государственной полицией» лишь частично, и в число его главных задач эта деятельность не входила. «Дней Александровых прекрасное начало», по определению А. С. Пушкина, в полицейской области знаменовалось поиском новых форм и органов, наиболее полно отвечавших изменившейся внутренней и международной обстановке. Уезжая в 1805 году в армию, царь заявил: «Я желаю, чтобы учреждена была секретная полиция, которой мы пока еще не имеем и которая необходима в теперешних обстоятельствах». Это желание монарха было реализовано учреждением 5 сентября 1805 года принципиально нового органа «высшей полиции» — межведомственного комитета, который в делопроизводстве назывался либо «Комитетом по делам высшей полиции», либо — по дате создания — «Комитетом 5 сентября 1805 года». В его состав вошли министры военно-сухопутных сил граф С. К. Вязмитинов, юстиции — князь П. В. Лопухин и внутренних дел — князь В. П. Кочубей.
Предусматривалось, что «Комитет должен получать немедленно и исправно сведения посредством обер-полицмейстера столицы… о подозрительных людях… о скопищах и собраниях подозрительных», а также от Дирекции почт «о подозрительных переписках». Последнее предполагало систематическое использование перлюстрации и негласный контроль корреспонденции российских и иностранных подданных.
Судя по имеющимся в архивах скудным данным о практической деятельности этого Комитета, она была довольно вялой и к 1807 году совсем сошла на нет. Причин для этого было несколько: и отсутствие опыта, и нехватка подходящих чиновничьих кадров, и определенная русская расслабленность и расхлябанность. Но главное, по нашему мнению, состояло в том, что политический сыск был чужд натуре русского дворянина и офицера: служить полицейской ищейкой, шпионом, следить за «своими» и «ябедничать» начальству было, с их точки зрения, распоследним делом. Впрочем, обстановка в стране оставалась спокойной и некоторое время можно было еще поблагодушествовать и покрасоваться в белых перчатках.