Главная идея его двухстраничного проекта «Об устройстве высшей полиции» состояла в одной фразе — обнаружившегося к тому времени «…ничтожества нашей полиции и необходимости по-новому организовать полицейскую власть». Перед новой полицией ставились две главные задачи: поиск и выявление лиц, групп и организаций, оппозиционных к правящему режиму, и пресечение их деятельности, а также выяснение настроений подданных, то есть совмещение системы политического розыска и политического контроля.
Новое подразделение «высшей полиции», получившее название Третьего отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии, было создано 3 июля 1826 года, то есть через шесть с половиной месяцев после событий 14 декабря 1825 года, когда Николай I подписал указ «О присоединении Особенной канцелярии Министерства внутренних дел к Собственной Его Величества Канцелярии». Это детище А. X. Бенкендорфа органически включило в себя наиболее дееспособный орган созданной Александром I системы политического розыска — Особенную канцелярию Министерства внутренних дел во главе с ее многолетним руководителем М. Я. Фоком. Последний стал вскоре управляющим Третьим отделением, которое в течение всей своей истории оставалось сугубо гражданским учреждением. Первоначально оно размещалось в доме на углу набережной реки Мойки и Гороховой улицы, а с мая 1838 года обосновалось в специально приобретенном для него казной за 500 тысяч рублей ассигнациями доме 16 на набережной реки Фонтанки, который с тех пор стал главным центром политического розыска в Российской империи и оставался в этом качестве до Февральской революции 1917 года.
Смешно сказать, но первоначально штат Третьего отделения насчитывал всего 16 гражданских чиновников! С точки зрения руководителей нынешних многочисленных российских спецслужб, уму непостижимо, как такая мизерная структура смогла организовать политический розыск и контроль на территории необъятной империи, составляющей почти одну шестую часть всего земного шара, с многомиллионным и многонациональным населением?
Отделение делилось на четыре экспедиции:
1-я экспедиция занималась «предметами высшей полиции и сведениями о лицах, состоящих под полицейским надзором»;
2-я экспедиция ведала раскольниками, сектантами, фальшивомонетчиками, должностными преступлениями и делами об убийствах, а также прошениями и жалобами; сюда же относились места заточения политических преступников (Секретный дом Алексеевского равелина Петропавловской крепости, Шлиссельбургская крепость, Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь);