Тем временем скоропостижно скончался Борис Годунов. Это обстоятельство стало подарком судьбы для Отрепьева. Сын Бориса Годунова был слишком молод и не пользовался авторитетом среди московской знати. Бояре, купившиеся на посулы самозванца, отстранили от власти клан Годуновых и торжественно венчали Отрепьева на царство.
Произошло невиданное – самозванец стал русским самодержцем при поддержке чужеземных наемников и восставших казаков. Впрочем, царствовал Отрепьев меньше года. Дорвавшись до неограниченной власти, он утратил осторожность и всякое чувство меры. Не желая исполнять обещания, данные польскому королю, Отрепьев затеял тайные переговоры с польской шляхтой о низложении Сигизмунда. Когда об этом стало известно Сигизмунду, то король отозвал из Москвы часть польских отрядов и стал открыто распускать слухи о том, что Отрепьев самозванец.
Бояре из окружения Отрепьева, прознав, что тот пообещал монахам-иезуитам и папе римскому заменить на Руси православие на католичество, приняли меры к скорейшему свержению и разоблачению самозванца. Польский воевода Юрий Мнишек был с Отрепьевым до конца, поскольку отдал ему в жены свою дочь Марину. Однако уже на девятый день после свадьбы Григорий Отрепьев был убит заговорщиками, во главе которых стояли бояре Голицыны и Шуйские.
Изгнав из Москвы поляков и немецких наемников, бояре спешно собрали Земский собор из представителей знати и народа, избрав голосованием в цари Василия Шуйского.
Все эти события происходили на глазах у Дмитрия Пожарского, который в ту пору служил во дворце стольником наряду с прочими княжескими и дворянскими сыновьями, имеющими знатных покровителей в столице. Семье Пожарских оказывали покровительство князья Ромодановские.
Заполыхавший в царствование Василия Шуйского сильнейший крестьянский мятеж во главе с Болотниковым опять же проходил при новых слухах о будто бы спасшемся от коварных бояр царевиче Дмитрии. Вновь ходили кривотолки, будто царевич Дмитрий, находясь в Польше, повелел Болотникову завоевать для него Москву. Отряды Болотникова и примкнувших к нему дворян долго осаждали Москву, но ворваться в город так и не смогли. С огромным трудом воеводам Василия Шуйского удалось отбросить болотниковцев от стен Москвы и взять их в осаду в Туле. Пять месяцев восставшие казаки и крестьяне оборонялись в Туле от царских войск.
В это время по Черниговско-Северским землям уже продвигалось от города к городу воинство нового самозванца, повсюду призывая народ под свои знамена. Воеводы Шуйского, увязшие под Тулой, не смогли подавить движение Лжедмитрия Второго в самом зародыше. Лишь после взятия Тулы царские войска начали военные действия против самозванца, но время было упущено. Отряды Лжедмитрия разбили под Болховом полки Василия Шуйского. Опять повторилась прежняя картина: к самозванцу толпами стекались смерды, казаки, холопы, посадские люди… Рассылая всюду свои воззвания, Лжедмитрий обещал даровать дворянам большие вольности, купцов обещал избавить от излишних налогов. Он объявил о конфискации поместий у бояр и дворян, бежавших в Москву, и даровал право холопам и крепостным крестьянам захватывать земли своих бежавших господ, а если в поместьях остались жены и дочери дворян, то холопы и смерды могут жениться на них.