.
На следующем заседании собора Неронов прямо обвинил Никона в превышении власти, однако митрополит Иона и протопоп Ермил, свидетели дерзких высказываний патриарха о царе, от своих показаний отреклись, устрашившись патриаршего гнева. Но Неронов продолжал открыто обличать Никона: «А тебе если кто добра хочет, ты и тех ненавидишь, а которые клеветники и шепотники, и ты тех любишь, и жалуешь, и слушаешь; если тебе на кого наклевещут, хоть за 500—1000 верст, ты веришь. Про богомольцев, со слов клеветников, говоришь, что они нечестивые… Доселе ты друг наш был, а теперь на нас восстал. Иных ты удалил и на их место поставил других, а от них доброго ничего не слыхать».
В продолжение спора Никон сказал, что на Иоанна Неронова поступила челобитная от священников и причетников Казанского собора, обвинявших его в бесчинии. Неронов потребовал прочесть челобитную вслух, а когда её не прочли, бросил в лицо Никону: «Воистину, патриарх, лжешь». Никоновские клевреты накинулись на Неронова: «Как ты можешь называть великого святителя кощунником, празднословцем, мучителем, лжецом?» На это Неронов отвечал: «Вам попустил патриарх говорить пред собой всякие нелепые слова на истинных рабов Божиих, и не знаю, как назвать ваш собор, потому что не заботитесь вы о законе Божием, а занимаетесь укоризнами и поношениями. Что вы кричите и вопите? Я не похулил и не погрешил против Святой Троицы, а я хулю ваш собор. Такие соборы бывали и против Иоанна Златоуста и против Стефана Сурожского».
Наказание не заставило себя ждать. 4 августа Иоанн Неронов был арестован и отдан под начал в Новоспасский монастырь. В тот же день его перевели в Симонов монастырь, где содержали под строгим арестом: домашних к нему не пускали, в Церковь ходить не разрешали, а ночью даже стерегли «со свещами». Через неделю его отвезли на Цареборисовский двор, где били немилостиво, а затем снова привезли в Симонов монастырь и на шею надели цепь. 12 августа в Успенском соборе Иоанна Неронова расстригли (чин совершал крутицкий митрополит Сильвестр), а 13-го сослали под строгий начал в Спасо-Каменный Вологодский монастырь, на Кубенское озеро. «Когда Неронова, в цепях и с цепями на шее, везли из Москвы, толпы народа провожали любимого пастыря до реки Клязьмы. Все плакали. На прощание протопоп сказал своей пастве проповедь и прочитал отрывки из своего любимого “Маргарита” Иоанна Златоуста. Старик мог вполне законно сравнить свою судьбу с судьбой константинопольского патриарха-исповедника, пострадавшего за правду» (Зеньковский). Часть пути от Москвы его провожал протопоп Аввакум.