Затем Логина вытолкали взашей из собора и с цепью на шее тащили от Патриаршего двора до Богоявленского монастыря, избивая «мётлами и шелепами». Раздетого донага, его бросили в земляную тюрьму и приставили к нему караул из стрельцов. «Ему ж Бог в ту нощь дал шубу новую да шапку, — пишет Аввакум, — и на утро Никону сказали, и он, россмеявся, говорит: “знаю-су я пустосвятов тех!” — и шапку у нево отнял, а шубу ему оставил». После этого расстриженный протопоп Логин был сослан в свою деревню, в Муромский уезд, под наблюдение духовного отца. Через год он умер.
А на 15 сентября было назначено расстрижение Аввакума. Формально его обвиняли не в неповиновении патриарху, а в том, что он, будто бы вопреки церковным канонам, совершал богослужение в сарае. Аввакум был привезён в Успенский собор. На этот день приходилась память святого великомученика Никиты, и как раз в то время, когда Аввакума везли на телеге, навстречу из Кремля выходил крестный ход, направлявшийся в Никитский монастырь. Опального протопопа долго продержали на пороге собора. Затем царь Алексей Михайлович сошёл со своего места и, подойдя к Никону, стал упрашивать его не расстригать Аввакума. Никон согласился на уговоры царя, и протопопу оставили его духовное звание.
«Не стригше, отвели в Сибирской приказ, — вспоминал Аввакум, — и отдали дьяку Третьяку Башмаку, что ныне стражет же по Христе, старец Саватей, сидит на Новом, в земляной же тюрьме. Спаси ево, Господи! и тогда мне делал добро». В Сибирский приказ Аввакума сопровождали подьячий Патриаршего двора Иван Васильев и пристав Василий Войков. В тот же День протопоп дал показания о составе своей семьи и назвал её московский адрес: у Казанского собора, «на дворе» Ивана Неронова. Кроме протопопицы Настасьи, у него было трое сыновей (Иван — девяти лет, Прокопий — пяти лет и младенец «Корнилко… осми дней») и дочь Агриппина — восьми лет. Все они были сосланы вместе с Аввакумом в столицу Сибири — Тобольск. В Москве остались четыре брата Аввакума: Григорий Петров, который помогал причту Казанского собора при богослужении («неотлучен на крылосе всегда»), Герасим, видимо, служивший там же и обвинявший причт собора в доносе на Иоанна Неронова, Евфимий, служивший псаломщиком в придворной церкви, и Козьма.
Возможно, царь Алексей Михайлович, симпатизировавший Аввакуму, пытался смягчить его будущее пребывание в Сибири. В указной грамоте, посланной архиепископу Сибирскому и Тобольскому Симеону, подчёркивалось, что «священство у него, Аввакума, не отнято», и говорилось, что «опальный протопоп» и его семья (здесь помимо жены и детей Аввакума названа еще и его «племянница Маринка») посланы только до Тобольска.