Епископ Павел не поставил себе преемника, поскольку, руководствуясь православными церковными канонами, считал это невозможным в своём нынешнем положении архиерея, лишённого кафедры. Не нужно забывать, что в Русской Церкви до раскола существовала практика повторной епископской хиротонии при переводе архиерея на новую кафедру, то есть архиерея ставили не в сан, а на определённую кафедру, и не могло быть архиерея без епархии. Павел Коломенский заповедовал не принимать от реформированной новообрядческой церкви никаких таинств и священнодействий, приходящих от неё новокрещённых крестить, не принимать новопоставленных в ней священников, утверждал, что не только священноиноки, но и простые благочестивые мужи могут совершать некоторые таинства и удовлетворять других в духовных нуждах.
После завершения беззаконного собора, 2 мая 1654 года Иоанн Неронов написал из Спасо-Каменного монастыря послание царице Марии Ильиничне. В послании он говорил, что епископ Павел Коломенский, протопопы Даниил Костромской, Аввакум, Логин Муромский и прочие страдают несправедливо и осуждены «мирским судом» незаконно. Их действия «ради проповеди закона и ради учения» он уподобил подвигу Самого Христа, который также безвинно «пострада от жидов». Неронов просил царицу похлопотать за осуждённых перед царём и предсказывал несчастье стране, если невинно пострадавшие не будут возвращены из ссылок и заточения. Этим пророчествам вскоре суждено будет сбыться.
* * *
18 мая 1654 года царь Алексей Михайлович уехал на войну с Польшей, оставив Никона правителем государства и возложив на него опеку над царской семьёй. Тем самым царь временно устранился от текущих государственных дел, поручив своему ставленнику расхлёбывать последствия предпринятой им реформы, встретившей достаточно сильное сопротивление в русском народе. Для пущей достоверности царь даже согласился на формальное расширение никоновского титула. Ещё 23 октября 1653 года, обнародовав в Успенском соборе решение о начале войны с поляками, царь в своей речи к боярам назвал Никона «великим государем». Прежде этот титул, кроме русских царей, носил только один человек — патриарх Филарет. Но тот был родным отцом царя Михаила Феодоровича. В предисловии к Служебнику 1655 года о царе Алексее и о патриархе Никоне говорится как о «богоизбранной и богомудрой двоице», за которую «вси живущие под державою их и под единем их государским повелением… утешительными песньми славити имут воздвигшего их истинного Бога нашего».
Полученная Никоном власть вскружила ему голову. Став «великим государем», он постепенно меняет свои взгляды на роль и место патриаршей власти в государстве.