Вотчины основанных Никоном трёх монастырей составляли отдельно от патриарших обширную область, всецело подчинённую лично Никону. Монастыри эти скоро превзошли даже древнейшие обители, поскольку Алексей Михайлович по просьбе Никона приписал к ним 14 монастырей, находившихся в епархиях других архиереев. В связи с этим современники говорили: «Похищаяй бо той волк Никон, яко разбойник, грабя себе у святых монастырей села и вотчины, и у князей такоже отьемля всяко и к своим прилагая, и многия князи ослезил и монастыри оскорбил и разорил, и простых крестьян тяжкими труды умучил…» В ведение патриарха перешли и все приходские церкви, числом до пятисот, находившиеся в вотчинах Никона и приписанных к ним монастырей, с чем соединялось право суда, а также известные пошлины и дани. Получив столь значительные пожалования, Никон счёл их чем-то само собой разумеющимся. «И мы за милостыню царскую не будем кланятися… так как приимет (царь) за то сторицею и живот вечный наследит», — писал он. Крупным материальным средствам соответствовала и необычайная пышность, окружавшая Никона как в его церковно-служебной обстановке, так и в его домашней жизни. В административных делах Никон был строг и неумолим. Число запрещённых священников было при нем настолько велико, что местами некому было совершать требы. Для наблюдения за духовенством он имел своих особых подьячих и стрельцов; низшее духовенство жаловалось на тяжесть своей экономической зависимости, усиливавшейся от притязательных исполнителей патриаршей воли. Наконец, своим высокомерием и властолюбием, своим беспрестанным вмешательством в мирские дела Никон вооружил против себя бояр.
Летом 1654 года Никон приказал собрать по Москве иконы «нового письма», написанные в «латинской» и «фряжской» манере. Как пишет Павел Алеппский, «те иконы написаны были не по отеческому преданию с папежского и латынского переводу». На иконах были выскоблены лики и выколоты глаза. Стрельцы, исполнявшие обязанности царских глашатаев, носили эти иконы по городу и кричали: «Кто отныне будет писать иконы по этому образцу, того постигнет примерное наказание!» Такой безрассудный поступок зарвавшегося патриарха произвёл сильное смущение в народе. И это можно понять. «Так как все московиты отличаются большой привязанностью и любовью к иконам, то они не смотрят ни на красоту изображения, ни на искусство живописца, но все иконы, красивые и некрасивые, для них одинаковы: они всегда их почитают и поклоняются им, даже если икона представляет набросок на бумаге или детский рисунок. У всех ратников, без исключения, непременно имеется на груди красивый образ в виде тройного складня, с которым он никогда не расстаётся и, где бы ни остановился, ставит его на видном месте и поклоняется ему»